根據上述職責，玉林市商務局設7個科。

擬訂局工作制度；負責局機關行政事務管理，協調局內設機構工作；督辦重要工作事項；負責文電、秘書事務、機要保密、檔案管理；起草綜合性文件；承辦有關會議和接待活動；辦理因公出國組團、邀請外商來訪審批事項；負責電子政務、辦公室自動化、商務網站的管理；負責青工、婦女和老干部等工作；聯系協調扶貧、計劃生育；安全保衛；來信來訪等。

負責局機關、事業單位人員編制，局管干部及下屬單位人員人事管理和教育培訓、人才培養、考核選拔；局管出國人員審查及駐外派出干部的選拔派出管理；局專業人員管理和實施專業資格制度；局屬院（校）、社會團體的管理。

負責對外宣傳、政務信息；負責商務局行政復議、行政訴訟等法律事務及機關普法工作。

指導并協調有關部門和相關中介機構開展產業安全方面工作及相關的宣傳、咨詢和培訓。

貫徹執行國家有關關稅、外匯、稅收、信貸、價格等政策并就貫徹執行中遇到的問題提出建議意見；負責管理勞動工資和局機關行政經費；管理各項內外貿發展基金、專項基金、基建投資等；負責局屬國有資產管理、內部審計監督和局屬單位責任人經濟責任審計；指導局屬單位財務會計工作。

貫徹執行國家、自治區進出口貿易管理細則；負責編制玉林市外貿發展計劃并指導實施；負責玉林市外貿宏觀運行狀況的預測、監測、分析，對運行中出現的重大問題提出建議措施，負責匯總玉林市外貿統計及其信息發布工作；指導邊境貿易、東盟、港澳臺經貿等工作，并對進出口商品配額、關稅配額進行管理；貫徹執行國家、自治區進出口商品配額招標政策；擬訂全市對外貿易發展計劃；指導協調外貿促進體系建設；管理、指導及組織境內外進出口商品交易會（包括洽談會、展銷會、商品博覽會等）；負責對外貿易經營者備案登記的上報工作；協助辦理國家實行國營貿易管理的貨物和經授權經營企業目錄的相關工作，負責國際貨運代理企業資格證書的審核上報；負責境外機構、企業常駐玉林市商務代表機構的核準業務；負責資源性產品出口供貨企業資格的審核；負責進出口經營秩序的協調管理，協調指導外貿信用體系建設；協調執行國家進出口許可證管理制度。

支持協調企業對反傾銷、反補貼、保障措施的應訴；建立和完善進出口預警機制及產業損害預警機制。

貫徹執行國家、自治區加工貿易政策，擬訂玉林市加工貿易規劃；負責玉林市加工貿易業務的管理、促進工作；研究玉林市加工貿易行業布局，協調解決加工貿易行業中存在的問題；指導協調出品加工區的管理工作。

負責對外承包工程、勞務合作和境外投資（金融類除外）、接受國際無償援助的管理以及擬訂業務發展規劃和業務管理辦法；負責玉林市企業對外投資設立企業的審核或申報工作；負責業務統計、外援項目實施情況的檢查和匯報工作。

貫徹執行國家機電產品進出口政策、發展規劃和年度指導性計劃，組織機電產品開拓國際市場。協助管理國家限制出口技術和引進技術的出口與復出口工作。

貫徹執行國家、自治區內貿發展戰略、行業規劃、流通產業等政策、法規；擬訂玉林市內貿發展計劃；執行健全、規范市場體系的法規、規章及標準和實施細則；促進誠信體系建設；協調打破市場壟斷、行業壟斷和地區封鎖的有關工作，促進內外貿易結合，建立健全、統一、開放、競爭、有序的現代市場體系；協調有關部門擬訂市場體系建設總體規劃；指導城市商業網點規劃；協助培育和發展農村市場；指導大宗產品批發市場的流通服務和市場建設；引導國內外資金投向市場體系建設。規范商業領域投資的準入程序；負責拍賣、典當、租賃、舊貨流通等特殊流通行業市場準入審核并實行監督；執行汽車流通服務政策，規范汽車市場秩序。

推行連鎖經營、物流配送、電子商務等現代流通方式發展規劃；推廣先進流通技術；負責餐飲業、住宿業的行業管理；按規定對成品油流通進行監督管理。

負責編制玉林市國內貿易發展計劃并指導實施；監測分析、預測、統計市場運行和重要商品供求狀況；研究市場運行和調控方面的政策，并提出建議意見、協調解決運行中有關重大問題；負責實施重要消費品市場調控和市場信息咨詢；負責畜禽屠宰、酒類流通的監督管理工作；負責繭絲綢在流通領域的監督管理，協調行業發展，組織開拓國內外市場；負責匯總玉林市國內貿易統計及信息發布工作；負責提出深化商業企業流通體制改革的意見及建議，指導、監督、協調商業企業的改革發展。

貫徹執行國家和自治區對外開放及利用外資政策、法規；按規定負責核準外商投資企業的設立和變更；負責考核確認外商投資二類企業和鼓勵類項目的上報工作；負責編報國家實行配額許可證管理的外商投資企業進出口商品年度計劃并組織實施；負責國家規定的外商投資企業進口物資的審核管理工作；負責玉林市直接利用外資的統計、外商投資企業聯合年檢工作；負責外商投資企業人員的出入境的審核工作。