根據上述職責，市對外貿易經濟合作局設10個科（室）：

負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔宣傳、信息、保密、信訪、政務公開、財務和資產管理、督辦等工作；參與全市性的外經貿和口岸重要活動。

負責編報外經貿中長期規劃和年度進出口指導性計劃；負責進出口宏觀運行狀況的監測、進出口業務統計和分析；負責局綜合性書面材料的起草；負責政策調研和有關地方性法規、規章草案、議案的起草；負責外經貿信息的收集和儲存工作；負責行政復議和行政訴訟。

擬訂全市對外貿易發展戰略、發展規劃方案，提出對外貿易發展的建議；會同有關部門擬訂開拓國際（境外）市場規劃；研究和推廣各種新型貿易（含電子商務）方式；承擔辦理各類企業的進出口經營資格備案登記和電子口岸備案登記；申辦和組織赴國（境）外舉辦的展銷會、洽談會；協辦、監管境內各種外經貿交易會、展覽會等；協調指導對臺貿易工作；指導出口廣告宣傳；會同有關部門研究、落實涉及外經貿的海關、外匯、稅收、信貸、價格、保險等政策；會同有關部門管理扶持外貿出口的各項專項資金；負責管理出口許可證汕頭打證點工作；組織實施機電產品以外的進出口商品目錄。

（市機電產品進出口辦公室）

n管理機電產品進口目錄；協調進口機電產品和成套設備的國際招標；組織實施科技興貿戰略和國際品牌建設；促進機電產品、高新技術和自主品牌企業開拓國際市場；指導本市外經貿科技創新工作；組織落實優化機電和高新技術產品進出口結構；承擔技術進出口工作；牽頭擬訂服務貿易發展規劃、政策，會同有關部門擬訂促進服務貿易進出口政策并組織實施；承擔服務貿易進出口管理、服務貿易促進和服務貿易統計工作。

參與擬訂本市外商投資發展戰略、中長期規劃，擬訂年度指導計劃并組織實施；參與制訂外商投資政策和規章制度；參與制訂改善投資環境的政策措施；編制招商計劃和招商目錄，指導和協調招商引資和投資促進工作；參與組織境內外招商引資活動；審核或核報外商投資項目的合同、章程及其變更；分析外商投資發展情況，定期向市人民政府和省外經貿廳報送有關動態并提出有關建議；監督外商投資企業執行法律法規和合同、章程情況，會同有關部門對外商投資企業進行聯合年檢；負責利用外資統計工作；負責與境外投資促進機構聯系交流；協調和指導各區縣和工業園區的對外貿易和經濟合作工作。

宏觀管理加工貿易工作；負責審核市管理權限的加工貿易業務；審核和上報外商投資企業和加工貿易企業涉及國家實行配額、許可證管理的進出口商品計劃；指導、管理外商投資企業與加工貿易企業的進出口工作；承擔加工貿易統計工作。

（市進出口公平貿易局）

n負責擬訂有關對外經濟合作發展規劃及管理辦法并組織實施；指導和管理境外投資、對外承包工程、對外勞務合作、設計咨詢等對外經濟合作業務；負責對本市企業境外投資、經濟合作經營資格的審核；承辦外派勞務和境外就業人員權益保護相關工作；負責配合國家和省有關部門反傾銷、反補貼、保障措施和產業損害調查等工作；指導和協調對我市出口商品的反傾銷、反補貼、保障措施及其他貿易救濟調查的應訴和應對國外技術性貿易壁壘等工作；參與調查對進口產品的反傾銷、反補貼、保障措施；參與實施貿易救濟措施；建立進出口公平貿易產業損害的預警機制，維護產業安全。

（汕頭口岸應急指揮中心）

n負責本市陸空口岸開設、關閉、調整以及非口岸的鐵路臨時開放的審核和上報工作；督促檢查陸空口岸查驗監管設施建設；實施陸空口岸綜合管理，督促、推進陸空口岸查驗方法、監管模式的改革；協調陸空口岸各單位間的工作關系，協調解決影響陸空口岸運行的爭議事項；牽頭組織共建文明口岸等活動；負責建設、管理口岸計算機網絡；對口岸運作進行監控，及時準確地反映口岸突發事件；負責口岸信息統計等工作。

負責本市港口口岸開設、關閉、調整以及非口岸的港口碼頭及水域臨時開放的審核和上報工作；督促檢查港口口岸查驗監管設施建設；實施港口口岸綜合管理，督促、推進港口口岸查驗方法、監管模式的改革；協調港口口岸各單位間的工作關系，協調解決影響港口口岸運行的爭議事項。

（與監察室、機關黨委辦公室合署）

n負責機關和指導直屬單位的人事管理、機構編制、培訓教育、勞動工資、離退休人員服務、計劃生育、安全保衛等工作；負責機關和指導直屬單位及代管單位的紀檢監察和黨群工作。