最高決策機構。由成員國外交部長和經濟部長組成。理事會主席由各締約國外長輪流擔任，任期半年。每年至少舉行一次成員國首腦會議。^[1]理事會負責首腦會議的籌備和組織工作。

執行機構。負責實施條約和理事會作出的決議，就貿易開放計劃、協調宏觀經濟政策、與第三國商簽經貿協定等提出建議。^[1]共同市場小組由各成員國派出4名正式成員和4名候補成員組成，代表本國外交部、經濟部和中央銀行。下設貿易事務、海關事務、技術標準、稅收和金融政策、陸路運輸、海上運輸、工業和技術政策、農業政策、能源政策和宏觀經濟政策協調等10個工作組。共同市場小組行政秘書處設在烏拉圭首都蒙得維的亞。

行政機構，設在烏拉圭首都蒙得維的亞。^[1]

立法機構，設在烏拉圭首都蒙得維的亞。實行一院制，設有139個議席。^[1]由各成員國各18名議員組成。

司法機構，解決成員國間爭端。^[1]

區內貿易事務機構。^[1]下設稅務和商品名錄、海關事務、貿易規則、保護競爭力等8個分委會。