過境貿易可分為直接和間接兩種。

直接過境貿易是外國商品純系轉運性質經過本國，并不存放在本國海關倉庫，在海關監督下，從一個港口通過國內航線裝運到另一個港口再輸出國外；或在同一港口內從這艘船裝到另一艘船；或在同一車站從這列火車轉裝到另一列火車后離開國境。

間接過境貿易是外國商品運到國境后，先存放在海關保稅倉庫，以后未經加工改制，又從海關保稅倉庫提出，再運出國境。根據專門貿易體系，這種商品移動作為過境貿易處理不計入對外貿易額內。