1958年湖北省農業干部學校創建。

1958年湖北省水產學校創建。

1967年湖北省水產學校停辦。

1978年湖北省水利水產學校(水產部分)改建為湖北省水產學校。

2000年湖北省水產學校更名湖北省科技生物學校。

2002年湖北省科技生物學校、湖北省農業干部學校、湖北省林業學校合并升格為湖北生物生態職業技術學院

2004年湖北生物生態職業技術學院(原湖北省科技生物學校與湖北省農業干部學校部分)改建為湖北生物科技職業學院。

2004年湖北生物生態職業技術學院撤銷。

2004年湖北生物生態職業技術學院(原湖北省林業學校部分)改建為湖北生態工程職業技術學院。

2016年8月，入選第二批國家現代學徒制試點單位。