學院與商務部、海關總署、國家質量監督檢驗檢疫總局、文化部等政府部門保持直接和緊密性學術聯系，是國際海關大學同盟的正式成員，并多次參加了WCO舉行的PICARD海關學術交流年會；與聯合國國際勞工組織保持廣泛聯系和合作。學院與中國海關信息中心建立了戰略合作關系，成立了服務中國海關事業發展的外海（外經貿-海關）智庫中心。與中國行政管理學會、中國海關學會、中國口岸協會等非政府組織保持學術合作關系。^[1]

學院與奧地利約安諾姆應用科技大學簽訂了派送學生學習交流協議；與美國佐治亞州立大學簽署了聯合培養MPA碩士研究生協議；與美利堅大學、科隆商學院、紐約城市大學、澳大利亞堪培拉大學、莫納什大學、奧地利約安諾姆應用科技大學、瑞士高級公共管理學院等海外高校確立了合作辦學意向。^[1]