三江學院日語學院創立于1996年，2000年獨立設置為日語系。2002年申報“日語”本科專業獲教育部批準，是該校首批獲得批準的本科專業和學士學位授予資格的專業之一。目前，在學科設置上保持著“日語”（本科）和“商務日語”（專科）兩個專業。