1999年至2003年，管委會作為市政府的派出機構，專門負責區內經濟開發建設，集中行使市一級經濟管理權限，實行u201c一條龍服務、一站式管理、一個窗口對外u201d。行使外經、工商、稅務、海關、勞務、國土、規劃等13個部門授予的審批和辦理權，推動了工業園的高速發展．

2006年8月份起南屏科技工業園管委會由香洲區政府管理，內設辦公室、建設管理局、經濟發展局，編制人員10個。負責土地開發、企業經濟、安全生產等工作。市政設施管理由市、區相關市政單位負責，行政審批由市相關部門負責。