保稅貨物通關的基本程序包括四個環節：合同備案－進口貨物－ －復運出口－核銷結案。

1合同登記備案。

是指經營保稅貨物的單位持有關批件、對外簽約的合同及其他有關單證，向主管海關申請辦理合同登記備案手續，海關核準后，簽發有關登記手冊。合同登記備案是向海關辦理的第一個手續，須在保稅貨物進口前辦妥，它是保稅業務的開始，也是經營者與海關建立承擔法律責任和履行監管職責的法律關系的起點。

2 進口貨物。

是指已在海關辦理合同登記備案的保稅貨物實際進境時，經營單位或其代理人應持海關核發的該批保稅貨物的《登記手冊》及其他單證，向進境地海關申報，辦理進口手續。

3 儲存或加工后復運出口。

是指保稅貨物進境后，應儲于海關指定的場所或交付給海關核準的加工生產企業進行加工制造。在儲存期滿或加工產品后再復運出境。經營單位或其代理人應持該批保稅貨物的《登記手冊》及其他單證，向出境地海關申報辦理出口手續。

4 核銷結案。

是指在備案合同期滿或加工產品出口后的一定期限內，經營單位應持有關加工貿易登記手冊、進出口貨物報關單及其他有關資料，向合同備案海關辦理核銷手續，海關對保稅貨物的進口、儲存、加工、使用和出口情況進行核實并確定最終征免稅意見后，對該備案合同予以核銷結案。這一環節是保稅貨物整個通關程序的終點，意味著海關與經營單位之間的監管法律關系的最終解除。