根據上述職責，市商務局設19個內設機構。

負責綜合協調局機關工作;負責機關文電、政務信息、提案建議辦理、綜合治理、機要保密、檔案、催辦查辦等工作;負責機關后勤保障和安全保衛等工作;承擔對外宣傳和新聞發布工作;負責機關電子政務的組織實施工作;負責商貿史志、年鑒的編纂工作。

負責機關及所屬單位人事管理和機構編制工作;負責機關和所屬單位出國人員審查、安全教育工作;協調、指導所屬單位加強黨組織建設、精神文明建設和思想政治工作;指導監督所屬單位安全消防和安全生產經營。

負責內外貿易、國際經濟合作、外商投資管理方面的法律法規宣傳;參與起草相關地方性法規和政策;承擔內外貿易和國際經濟合作領域中的反壟斷調查和取證工作;負責擬訂重大經貿協議、合同及章程，協調處理重大爭議案;負責行政復議和行政訴訟工作;負責世貿組織規則的研究、咨詢;負責反傾銷、反補貼、保障措施等涉及進出口公平貿易的相關工作;負責反傾銷、反補貼、保障措施等案件對我市產業損害的調查起訴工作;建立產業損害預警機制;審報、管理國(境)外經濟組織駐鄭代表和辦事機構。

負責機關財會工作;指導、監督、管理所屬單位的財會工作;負責申報管理和爭取國家、省、市各項業務資金和專項資金;負責擬訂市本級財政設立的有關商務工作的各類專項資金管理使用方法和相關實施細則;做好局機關的國有資產監管工作;負責全市外經貿企業出口退稅的協調工作;負責局機關和所屬單位會計人員從業資格、技術職稱管理和繼續教育培訓工作。

負責全市主要商務指標的分解下達、監測核定;建立健全生活必需品市場供應應急管理機制;對全市生活必需品、重點流通企業、重要生產資料市場的運行和供求狀況,進行分析監測、預警和信息引導;負責全市生活必需品、重點流通企業和重要生產資料系統及其數據庫維護;負責全市城鄉信息平臺、商務預報網站的建設維護及其信息發布;負責繭絲綢協調工作。

(市機電產品進出口辦公室)。負責擬訂全市外貿發展戰略、中長期發展規劃，并組織實施有關促進政策和措施;負責全市對外貿易的促進工作，承擔市外貿工作聯席會議辦公室的相關工作;指導、協調全市商品進出口和加工貿易工作;受理企業進出口經營權備案登記;組織實施進出口許可證的申報;指導境內外業務對口的交易會、洽談會等貿易活動;編報機電產品配額年度進口方案;承擔市機電產品進出口辦公室日常工作。

擬訂鼓勵技術出口和服務外包的政策和措施;負責技術、高新技術產品出口和技術引進工作;組織實施科技興貿戰略;執行國家高技術產品目錄和禁止、限制進出口目錄;負責爭取國家有關扶持高技術出口資金和項目;受理并執行服務外包企業的認定;負責組織承接國際服務外包產業轉移的招商和項目促進工作;組織實施服務外包基地和園區建設;指導協調服務外包人才的引進和培養;負責組織參加境內外服務外包交流、洽談活動。

(市對外開放辦公室)。負責全市招商引資和投資促進工作;研究擬訂并組織實施招商引資中長期規劃;參與擬訂外商投資獎勵政策并組織實施;分析、研究全市外商投資情況并上報動態和建議;負責組織篩選、發布吸引外商投資項目，建立招商引資項目庫;負責接待外商團組，協調外商投資項目的談判和推進工作;指導全市小分隊招商、行業招商、專業招商和委托代理招商活動;負責全市對外開放的宏觀指導和協調;制訂全市對外開放長遠規劃、相關政策和措施;督促檢查對外開放政策措施的落實，會同有關部門抓好外商投資環境治理，解決對外開放工作中出現的重大問題;落實市對外開放招商引資工作領導小組各項決議。

負責組織、協調境內以及區域性招商引資、經濟技術協作工作，研究擬訂經濟技術協作政策;組織、指導全市重要展覽展銷;組織參加區域性經貿交流活動;協調企業對外經濟技術交流與協作，指導企業跨區域投資。

負責外商投資企業設立、變更及有關經營事項的審批、申報和享受優惠政策工作;監督檢查外商投資企業執行合同、章程和依法經營的情況;負責外商投資企業免稅進口設備申報工作;負責督導全市外商投資企業項目全程無償代理的審批工作;負責外商投資統計工作。

擬訂促進對外經濟合作的有關政策;依法管理和監督全市對外投資、對外承包工程、對外勞務合作和設計咨詢等對外經濟合作業務;承擔外派勞務和境外就業人員的權益保護相關工作;審報市內企業對外投資開辦企業(金融企業除外)、對外經濟合作企業經營資格;承擔全市對外直接投資、對外承包工程和勞務合作統計工作;審報市內企業援外項目實施資格;負責組織、協調對外援助項目和援外資金的申報工作;爭取聯合國發展系統和政府間雙邊和多邊援助項目并組織實施。

負責指導、推進大宗產品批發市場和汽車等重要商品流通體系的規劃、建設監管;擬訂健全、規范流通領域市場體系的地方法規、規章和政策;負責聯系期貨市場;組織實施國家及地方財政性資金安排的市場體系建設重大投資項目;推進農村市場和農產品流通體系建設;負責組織實施農村連鎖經營，指導農產品市場建設和升級改造。

負責組織實施現代物流業發展規劃;負責全市物流體系節點的規劃布局、建設和管理;負責培育和規范物流市場，推進物流園區建設;協調重點物流項目的建設，解決物流業發展中的重大問題;組織實施物流行業招商引資，推進物流業信息化和標準化建設，引導扶持物流企業的健康發展。

(市商貿城建設管理辦公室)。負責擬訂全市商貿城建設總體規劃和城市商業網點規劃并組織實施;規范城市大型商業項目和流通設施建設，優化流通產業結構政策，優化商業布局和結構;組織大型商業設施建設項目的聽證工作;協調、指導市轄縣級城市商業網點規劃的編制和實施工作;負責商業零售、餐飲、美容美發等商貿服務業和酒類流通的行業管理;貫徹實施國家深化流通體制改革政策，推動流通體制改革和連鎖經營、物流配送、特許經營等現代流通方式發展;負責商業利用外資項目規劃布局審核工作;做好特色商業街的創建和管理工作;指導規范社區商業發展，規范經營秩序;負責重要商品的儲備管理工作;承擔市商貿城建設管理辦公室日常工作。

負責擬訂全市成品油、拍賣、典當、租賃、舊貨流通、再生資源、報廢汽車回收、二手車交易等特殊行業的發展規劃并組織實施;會同有關部門規范市場秩序;負責行業準入的初審、上報和監督管理工作。

(市畜禽屠宰管理辦公室)。負責擬訂全市畜禽屠宰行業發展規劃、法規、政策并組織實施;負責全市畜禽定點屠宰管理;負責全市依法監督、檢查畜禽屠宰企業生產經營活動;協調有關部門對畜禽產品市場進行監管，打擊私屠亂宰等違法行為，對管理工作中的重大事項進行督辦;負責畜禽屠宰加工冷藏業的行業管理;組織生豬及其產品的儲備;承擔市畜禽屠宰管理領導小組辦公室的日常工作。

(企業改制處)。負責局系統的信訪工作;協調解決局屬國有企業改制中的重大問題;協調指導局屬國有企業改制、破產、兼并、重組，推動現代企業制度建設。

負責牽頭協調全市市場經濟秩序整頓和規范工作;推動商務領域信用建設,指導商業信用銷售,建立市場誠信公共服務平臺;受理擾亂市場秩序行為以及侵犯知識產權行為的舉報投訴,參與組織打擊侵犯知識產權、商業欺詐;協調指導全市流通領域市場監管等工作。

負責局機關的黨群工作。

離退休干部工作處。負責機關離退休干部工作，指導局屬單位的離退休干部工作。