仲裁協(xié)議的有效解釋原則，是以仲裁協(xié)議的獨立性為其理論基礎的。仲裁協(xié)議的獨立性理論或者仲裁條款自治理論，在于將一個包括仲裁協(xié)議或者仲裁條款的合同，視為由兩個相對獨立的合同構(gòu)成的整體，其中一個為實體性質(zhì)的合同，即約定當事人雙方民事實體方面的權(quán)利義務等，與此相對應的是合同實體法;另一個為程序性質(zhì)的合同，即形式上表現(xiàn)為仲裁協(xié)議或者仲裁條款，與此相對應的是合同程序法。仲裁協(xié)議的獨立性理論集中到一點，就是合同未成立、或者成立以后未生效或者被撤銷的，不應當影響仲裁協(xié)議或者仲裁條款的有效性。
仲裁協(xié)議的獨立性不僅有理論基礎，而且有明確的法律依據(jù)。根據(jù)我國仲裁法第5條關于u201c當事人達成仲裁協(xié)議，一方向人民法院起訴的，人民法院不予受理，但仲裁協(xié)議無效的除外u201d的規(guī)定，當事人之間存在著解決爭議的仲裁協(xié)議，而一方當事人又將其爭議提請人民法院通過訴訟解決的，人民法院應當不予受理。據(jù)此，一項有效的仲裁協(xié)議可以排除人民法院的司法管轄權(quán)。更能體現(xiàn)仲裁協(xié)議獨立性的是仲裁法第19條第1款的規(guī)定：u201c仲裁協(xié)議獨立存在，合同的變更、解除、終止或者無效，不影響仲裁協(xié)議的效力。u201d同時合同法第57條也明確規(guī)定：u201c合同無效，被撤銷或者終止的，不影響合同中獨立存在的有關解決爭議方法的條款的效力。u201d
從世界各國仲裁立法例、有關國際公約以及司法實踐來看，仲裁條款獨立于實體合同是一個普遍的規(guī)則。《承認及執(zhí)行外國仲裁裁決公約》(又稱《紐約公約》)第2條第三款亦規(guī)定：u201c當事人就訴訟事項訂有本條所稱之協(xié)定者(即仲裁協(xié)議)，締約國法院受理訴訟時應依當事人一方之請求，命當事人提交仲裁，但前述協(xié)定經(jīng)法院認定無效、失效或不能實行者不在此限。u201d而我國是《紐約公約》的締約國之一。
仲裁協(xié)議依法訂立，對當事人雙方即具有法律效力，人民法院也要充分尊重。一方當事人無視仲裁協(xié)議而直接向人民法院提起訴訟的，另一方當事人有權(quán)依據(jù)該仲裁協(xié)議請求人民法院不予受理或者終止司法程序，將有關爭議交由仲裁機構(gòu)裁決。仲裁協(xié)議范圍內(nèi)的事項所發(fā)生的爭議不得以訴訟方式加以解決，國內(nèi)仲裁如此，涉外仲裁亦然。民事訴訟法第257條規(guī)定：u201c涉外經(jīng)濟貿(mào)易、運輸和海事中發(fā)生的糾紛，當事人在合同中訂有仲裁條款或者事后達成書面仲裁協(xié)議，提交中華人民共和國涉外仲裁機構(gòu)或者其他仲裁機構(gòu)仲裁的，當事人不得向人民法院起訴。當事人在合同中沒有訂有仲裁條款或者事后沒有達成書面仲裁協(xié)議的，可以向人民法院起訴。u201d
我國仲裁法第16條要求仲裁協(xié)議除了應當具有請求仲裁的意思表示和仲裁事項以外，還包括選定的仲裁委員會，第17條規(guī)定的3種無效情形都是仲裁協(xié)議自身出現(xiàn)的問題，也從反面證明了仲裁協(xié)議的獨立性。
總之，即使實體合同未生效、無效、失效或者不能履行，合同中的仲裁條款的效力均不因此受影響。這一點是中國今后的司法實踐應當繼續(xù)堅持的。
仲裁協(xié)議約定由某地的仲裁機構(gòu)仲裁且該地僅有一個仲裁機構(gòu)的，該仲裁機構(gòu)視為約定的仲裁機構(gòu)。該地有兩個以上仲裁機構(gòu)的，當事人可以協(xié)議選擇其中的一個仲裁機構(gòu)申請仲裁;當事人不能就仲裁機構(gòu)選擇達成一致的，仲裁協(xié)議無效。譬如最高人民法院在審理安徽國泰物業(yè)有限公司申請確認仲裁協(xié)議效力一案時認為：雙方當事人明確約定：合同履行中發(fā)生爭議由當?shù)睾贤俨梦瘑T會仲裁，該約定對仲裁機構(gòu)的表述，因為雙方當事人住所地及合同簽訂地、履行地、標的物所在地均在安慶市，合同中約定的u201c當?shù)睾贤俨梦瘑T會u201d應認定為安慶仲裁委員會，故本案仲裁協(xié)議有效。
再如最高人民法院2000年12月5日在《關于中化國際石油(巴哈馬)有限公司訴海南昌盛石油開發(fā)有限公司購銷合同糾紛案中仲裁協(xié)議效力問題的復函》指出：根據(jù)國務院1996年6月8日《關于貫徹實施〈中華人民共和國仲裁法〉需要明確的幾個問題的通知》的規(guī)定，仲裁機構(gòu)重新組建以后，中國國際經(jīng)濟貿(mào)易仲裁委員會不是中國惟一的國際貿(mào)易仲裁機構(gòu)，新組建的仲裁委員會也可以受理涉外仲裁案件。因此，合同中u201c中國相關的國際貿(mào)易仲裁機構(gòu)u201d不能推定為就是中國國際經(jīng)濟貿(mào)易仲裁委員會。鑒于本案當事人對仲裁機構(gòu)的約定不明確，而一方當事人已起訴至有關人民法院，表明雙方當事人已不可能就仲裁機構(gòu)達成補充協(xié)議，依照仲裁法第18條的規(guī)定，應認定本案仲裁條款無效。
第三，最高人民法院在《關于同時選擇兩個仲裁機構(gòu)的仲裁條款效力問題的函》中認為，當事人在仲裁條款u201c合同爭議應提交中國國際貿(mào)易促進委員會對外經(jīng)濟貿(mào)易仲裁委員會，或瑞典斯德哥爾摩商會仲裁院仲裁u201d中對仲裁機構(gòu)的約定是明確的，亦是可以執(zhí)行的，當事人只要選擇約定的仲裁機構(gòu)之一即可進行仲裁。故根據(jù)民事訴訟法第111條第二項的規(guī)定得出人民法院對本案沒有管轄權(quán)的結(jié)論，承認了仲裁條款的有效性。