驗證稽查和常規稽查、專項稽查并列為海關三種企業稽查方式，與其他稽查方式相比，驗證稽查具有四個方面的特殊性：
    “工作目標”特殊。
    驗證稽查是海關分類管理工作的配套措施，其工作目標體現為，一方面，通過評估驗證企業守法狀況或貿易安全情況，有針對性規范企業內部經營管理，引導企業守法自律，保障其更好地享受海關監管便利。另一方面，優化海關監管資源配置，減輕海關一線監管現場進出口通關壓力，提高海關整體把關服務水平。
    “管理對象”特殊。
    根據《分類管理辦法》的規定，“已適用A類管理1年以上”且“上一年度進出口總值3000萬美元（中西部地區1000萬美元）以上”的企業才具備申請評“AA類”的資格。驗證稽查的管理對象就是這些具備條件的申請評為或已經評為AA類的企業。除AA類企業之外，驗證稽查還承擔了對申請AEO企業的貿易安全驗證工作。
    “管理方式”特殊。
    驗證稽查采取“事前準入驗證”與“后續監控管理”有機結合，也即“前驗后管”，對企業進行全面深入的管理：一方面海關在企業評定為“AA類”等級之前對其進行準入式稽查，驗證企業是否符合海關管理要求;另一方面在企業評定為AA類管理等級后，海關將在進出口通關過程中給予企業充分便利，因此有必要在后續管理環節在日常監控基礎上，開展驗證稽查等措施對企業進行管理，以確保AA類企業的進出口活動不脫離海關監管。
    “驗證內容”特殊。
    驗證稽查不僅要驗證企業的守法狀況，還要驗證其貿易安全情況。隨著我國對外經濟貿易的發展和海關貿易安全國際認證合作（如AEO認證、C-TPAT認證等）的深化，“反恐”、“維護國際供應鏈貿易安全”等非傳統職能日漸成為中國海關的主要工作內容，而驗證稽查通過審核企業貿易安全情況，對企業的貿易安全情況作出客觀公正的等級評估和資質認證，這正是中國海關與國際接軌開展貿易安全互認合作，為中國企業享受國際通關便利提供認證服務的具體體現。