中華人民共和國深圳海關前身為“九龍關”，1887年4月在香港成立。1949年10月，人民政府接管了九龍關并將其總部機構由香港撤回深圳。1950年1月，根據海關總署的決定，“九龍關”更名為“中華人民共和國九龍海關”，保留“九龍”這個關名，其意義在于顯示中國人民維護國家主權和領土完整的決心。1997年7月1日，香港回歸祖國，本著“一國兩制”的原則，根據國務院的決定，“九龍海關”更名為“深圳海關”，江澤民總書記親筆題寫了“中華人民共和國深圳海關”的新關名。
　　深圳海關直屬中華人民共和國海關總署領導，并受廣東分署的監督指導，總部位于深圳市，其業務管轄區域包括深圳市及惠州市。目前全關共有干部員工5800余人，設有48個處級以上機構，其中內設機構21個，隸屬機構18個，派駐機構5個，其他機構4個。海、陸、空監管業務齊全。
　　深圳海關的職能是：依法對經深圳口岸進出境的貨物、運輸工具、行李郵遞物品等進行監管；征收關稅和其它法定由海關征收的稅費；查緝走私；開展貿易統計并辦理其他海關業務。
　　目前，深圳海關旅檢業務占全國55%，加工貿易監管占全國1/5，快件監管業務占全國1/3，稅收征管約占全國9%，運輸工具監管約占全國70%。
　　深圳口岸是全國最繁忙的口岸之一，深圳海關也是全國任務最繁重的海關之一，深圳海關以自身特有的位置，在新中國經濟和社會建設的各個時期都發揮了重要作用。改革開放以來，深圳海關主動適應經濟特區發展需要，深化業務改革，加強隊伍建設，不斷完善和改進自身工作，促進地方經濟發展。