海口海關的前身是成立于1876年的瓊州海關（簡稱“瓊海關”）。早在宋代，海南島的海上貿易已較發達，南宋乾道年間（1165-1173年）在海南設立瓊州市舶分局，此為瓊海關之雛形。康熙年間，清政府廢除了市舶司制度，設立了江、浙、閩、粵四海關。粵海關下設總口七處，海口總口是其中之一。
　　第二次鴉片戰爭后，海口港作為對外通商口岸首先向英、俄、法、美以及歐州各國開放。清光緒年間，瓊州海關在海口正式成立（簡稱“瓊海關”，俗稱“洋關”）高級職務由洋人擔任。瓊海關全面推行洋關制度后，唯總稅務司之令而行，為帝國主義列強傾銷商品，掠奪中國資源，大開方便之門。
　　新中國成立后，成立了中華人民共和國海口海關，在海關總署集中統一領導下，擔負起把守國家經濟南大門的重任，認真履行國家賦予海關監管、征稅、查私三大任務。“文革”期間，海口海關的工作受到嚴重影響，1971年海南區革委會甚至批準撤銷海口海關，1972年才得以恢復。 Bｇyedu.CoM
　　十一屆三中全會以后，海關工作進入了一個嶄新的時期。中央決定加快海南的開發建設，建立了海南經濟特區，在政策給予很大的優惠，海南的經濟展現出勃勃生機，海關業務量隨著海南對外貿易和經濟建設的發展而急劇增長。1984年，經國務院批準海口海關升格為廳局級海關。
　　海口海關將全面、準確地執行“依法行政、為國把關、服務經濟、促進發展”的海關工作方針，方便合法進出，提供優質、高效的服務，按照“政治堅強、業務過硬、值得信賴”的要求扎實做好各項工作，為海南的對外貿易發展作出貢獻。