昆明海關的前身為蒙自海關，于1889年成立。1910年滇越鐵路通車至云南府（昆明），蒙自海關在云南府設立分關。1932年1月1日，蒙自關稅務司移駐云南府分關辦公，蒙自關仍保留總關名義。1942年2月4日，蒙自、騰越兩關合并，成立昆明海關。
　　云南解放后，1951年，昆明海關、騰沖海關合并，仍稱昆明海關。1980年，昆明海關升格為局級關，直屬海關總署，實行垂直領導體制，改名為中華人民共和國昆明海關。目前總關內設15個局、處（室）和機關服務中心及2個派駐機構，并代管總署昆明教育培訓基地和瑞麗緝毒犬基地。下屬海關機構與云南的對外開放相適應，共有21個隸屬海關和9個海關緝私分局，分別設在中緬、中老、中越4061公里的國境線上和部分內陸開放地區。全關區共有干部職工1300余人，其中海關緝私干警250余名。
　　長期以來，昆明海關在云南省委、省政府的大力支持關心下，在海關總署的正確領導下，認真踐行“三個代表”重要思想，深入貫徹“依法行政、為國把關、服務經濟、促進發展”海關工作16字方針，按照“政治堅強、業務過硬、值得信賴”海關隊伍建設12字要求，繼承和發揚昆明海關多年來形成的優良傳統和成功經驗，以實行海關關銜制度為契機，強化依法征管、科學征管的稅收工作意識，積極參與和推動云南省“大通關”建設，始終保持打擊走私違法活動的高壓態勢，不斷加強海關隊伍的正規化、現代化和準軍事化建設，努力把好祖國 “西南門戶”，積極為云南省經濟建設和改革開放貢獻力量。