聯網監管模式打破了傳統的前期備案、中期核查、后續核銷“三段式”管理格局。一方面，前期延伸至企業經營狀況的調研、內部管理制度及物流管理水平的考察、關務作業操作和海關監控數據的約定，極大地豐富了前期管理的內容。另一方面，淡化中后期管理的界限，核查的重點放在企業內部管理制度的執行、保稅貨物的管理等方面，核銷是根據企業保稅貨物實際庫存量與電子帳冊理論結余料件數據進行認定的過程。與現行監管模式相比較，海關管理實現業務流程重組后，第一次實現了海關與企業管理的“無縫對接”：
　　1、“后續管理前置”的前期規范
　　企業在實施聯網監管過程中必須配合海關監管完成的前期準備工作有：接受海關對生產管理系統的考察，明確實施聯網監管的工作任務，建立加工貿易保稅貨物商品參數庫，在海關指導下確定商品的歸并關系，建立符合海關監管要求的內部管理制度，根據海關監管要求整合關務數據編制相應的接口程序。
　　海關在對企業的前期輔導過程中，致力于幫助企業理順物流與信息流、資金流的關系，在生產加工制造鏈的重要節點嵌入相應的管理規則與約束機制，最大限度地降低企業不規范操作的概率，減少技術性違規的發生。
　　2、建立鏈式管理模型實現據實核算
　　20多年來，海關對加工貿易保稅料件的核銷始終遵循按出口成品折合料件核扣的規則，對于大型IT企業成百上千的出口成品，人工核算幾乎無法細化到成品的具體規格，粗放式的核算核扣必然導致核銷結論的偏差。聯網監管建立鏈式管理模式的業務需求正是針對這一情況提出來的，通過建立細化到出口成品版本與組成料件的一一對應關系，使用工單追蹤方法，核扣不同BOM（物料清單）表的料件耗用，從而使據實核算出口耗用成為可能。但不是所有企業都有能力或有必要建立鏈式管理模型，它受到出口成品的料件構成、企業生產管理的內在要求以及管理系統開發程度的制約。
　　3、以“數字對話”提升實際監管質量
　　聯網監管提供了多個數據與數據、數據與實物核對的信息來源：企業報送單耗數據與工單發料情況的核對；深加工結轉貨物按產業鏈關系雙向數據對碰；電子帳冊理論節余料件與實際保稅庫存數據的對碰，使海關監管的空間從單證拓展至實際庫存、產業鏈相關企業，監管效能得到了實質性的提升。因此，“數字對話”已成為見證企業申報數據真實與否的有效手段，也是印證海關監管是否有效的手段之一。