出口加工區的監管模式與傳統的監管模式相比具有較大的優越性，主要有以下幾個特征：１、監管手段上，強化現代通信技術和計算機網絡技術的應用，使用電子數據傳輸銜接海關之間監管，逐步取代傳統的監管模式；２、區域監管上，強化對區域的整體監管，簡化對逐個企業的管理；３、加工貿易業務監管上，強化對企業開展的加工貿易業務的整體管理，簡化對逐個合同的管理；４、貨物通關監管上，強化對進、出區貨物在進出出口加工區卡口時的實際監管，簡化辦理通關的手續，逐步滿足現代跨國型企業，零庫存生產的需要。
具體監管模式是：
一、海關對出口加工區加工貿易的監管模式
（一）合同審批
出口加工區內新開展加工貿易項目企業的審批，由出口加工區管委會負責，在首次開展加工貿易業務時，確定其經營范圍、加工能力等情況，以后企業如在規定的范圍內進出貨物，不必向管委會報批，如需更改經營范圍、擴大加工能力，則需作變更審批。
（二）合同備案
區內企業在其貨物進出區之前，需先將合同（訂單）通過EDI方式，向主管海關申請備案，海關對企業發送的備案數據經審核后，自動存入電子帳冊作為底帳數據［備案數據包括進口料件、出口成品的品名、規格、計量單位、產銷地及單（損）耗比例關系等內容］。
（三）貨物進、出（口）
區內企業進、出區貨物的通關，由區內企業或受其委托的專業報關企業直接向出口加工區主管海關申報，海關按現行的報關作業程序進行審單后，在卡口辦理貨物查驗、放行手續，并以查驗、放行環節獲取的數據建立企業底帳，作為監管、核銷的依據。對區內企業與境外之間進、出境的貨物采取“備案制”管理，由區內企業填寫“中華人民共和國海關出口加工區進（出）境貨物備案清單”；對區內企業與國內區外之間進出的貨物，采取“報關制”管理，由區外企業填寫“中華人民共和國海關進（出）口貨物報關單”、區內企業填寫“中華人民共和國海關出口加工區進（出）境貨物備案清單”，在出口加工區主管海關辦理報關手續。
（四）后續核銷
企業每半年向海關報核一次，報核內容包括原材料的耗用量、產成品的出口量和對應的單（損）耗關系、殘次品、廢料和庫存情況等。海關核銷中調閱有關的備案底帳，將企業報送的原材料耗用情況、產成品出口情況與海關電子底帳的有關數據進行計算機自動核扣。海關在核銷結案前，須調閱企業的備案申報數據進行核對，發現明顯異常的應及時開展稽查。
（五）海關與企業計算聯網
由出口加工區海關提供統一數據庫平臺，要求企業按海關要求報送數據。
　　二、海關對出口加工區進、出口貨物的監管模式
承運進、出出口加工區貨物的承運人及運輸工具必須在海關辦理登記備案手續。
進境轉關貨物經進境地海關轉關至出口加工區后，出口加工區海關根據貨物收、發貨人或其代理人申報（遞交）的“中華人民共和國海關出口加工區進境貨物備案清單”，辦理接單、查驗放行海關通關手續后，進入出口加工區。
出境轉關貨物由貨物、收發貨人或其代理人向加工區海關申報（遞交）“中華人民共和國海關出口加工區出境貨物備案清單”。出口加工區海關辦理接單、查驗放行海關通關手續后，將“中華人民共和國海關出口加工區出境貨物備案清單”電子數據傳輸到出境地海關。貨物運至出境口岸后，承運人向出境地海關申報，出境地海關辦理相關手續后，貨物實際出境，并核銷艙單后，將數據傳輸反饋到加工區海關。
三、海關對出口加工區卡口的監管模式
（一）出口加工區安裝閉路電視監控系統，對加工區圍網設施、出口加工區的貨物進／出卡口和人員進／出卡口進行監控。
（二）出口加工區海關，對進、出加工區的貨物及區內相關場所實行24小時監管。