香港為中華人民共和國的一個單獨關稅區，香港海關不受內地海關總署的管轄。

一、香港海關歷史及簡介

香港海關前身為出入口管理處，成立于1909年，初期主負責保障稅收的工作。1949年出入口管理處與物料供應署、貿易署及工業署合并成工商署。1962年成立工商署緝私隊，1977年改稱香港海關，部門首長稱為海關總監。1982年8月1日成為獨立的政府部門。香港回歸后，海關總監改稱為海關關長，進一步成為香港的主要官員之一，須由行政長官提名，報請中央人民政府任命。現任香港海關關長為袁銘輝。

海關關長除向保安局局長負責外，亦同時向商務及經濟發展局局長和財經事務及庫務局局長負責。

二、主要職責

- 進口及出口清關

- 進口及出口報關

- 征稅

- 受理牌照及許可證之申請

- 保障消費者權益及執行相關法例

- 保護知識產權工作及執行相關法例

- 毒品管制

三、機構設置

截至2009年5月1日，香港海關的編制為5592個職位;其中9個屬首長級職位，4489個為香港海關部隊職位，459為貿易管制主任職系職位，而一般及共通職系職位則共占635個。

香港海關的首長為海關關長，由一名海關副關長協助處理部門事務， 另五名首長級人員分別掌管轄下五個工作單位。五個工作單位包括：行政及人力資源發展處（AD分處）、邊境及港口處（BP分處）、稅務及策略支援處（ES分處）、情報及調查處（II分處），及貿易管制處。

行政及發展處：負責內務行政、財務管理、人力資源管理和行政支援服務等工作。

邊境及港口處：負責所有關于出入境管制站管制和便利清關職能的事宜、以及負責管轄機場科、陸路邊境口岸科、鐵路及渡輪口岸科、港口及海域科及特別職務隊。

現時的海關總部和各個科系的辦事處及設施分布在香港不同地點和地區。這項安排影響海關的行動效率、令人關注保安問題，并對有需要親身使用海關服務的市民造成不便。因此政府在北角渣華道與電照街交界興建新海關總部大樓。新總部樓高34層，提供約28,000平方米的樓面面積，可以容納1,800多名海關人員一同工作。2007年10月動工，預計2010年落成。