根據(jù)《國(guó)務(wù)院關(guān)于機(jī)構(gòu)設(shè)置的通知》（國(guó)發(fā)〔１９９８〕５號(hào)），設(shè)置海關(guān)總署（正部級(jí)），為國(guó)務(wù)院直屬機(jī)構(gòu)。海關(guān)總署是國(guó)務(wù)院主管海關(guān)工作的行政執(zhí)法機(jī)構(gòu)。
一、職能調(diào)整
（一）劃入的職能。
１．撤銷國(guó)家口岸辦公室，將其口岸規(guī)劃、審理等職能交給海關(guān)總署承擔(dān)。
２．撤銷全國(guó)打擊走私領(lǐng)導(dǎo)小組，其職能交給海關(guān)總署承擔(dān)，由海關(guān)總署統(tǒng)一負(fù)責(zé)打擊走私工作。
３．將原由對(duì)外貿(mào)易經(jīng)濟(jì)合作部負(fù)責(zé)的出口商品原產(chǎn)地規(guī)則協(xié)調(diào)管理職能，交給海關(guān)總署承擔(dān)。
４．將原由國(guó)務(wù)院關(guān)稅稅則委員會(huì)負(fù)責(zé)的有關(guān)立法調(diào)查研究工作、稅法起草工作和稅法執(zhí)行過(guò)程中的一般性解釋工作，交給海關(guān)總署承擔(dān)。
（二）轉(zhuǎn)變的職能。
１．取消原國(guó)家口岸辦公室有關(guān)指導(dǎo)地方口岸管理的職能。
２．將海關(guān)車船、服裝、計(jì)算機(jī)、檢查設(shè)備等裝備的購(gòu)置及建造和實(shí)施教育培訓(xùn)計(jì)劃及機(jī)關(guān)事務(wù)管理職能，交給總置直屬事業(yè)單位承擔(dān)。
二、主要職責(zé)
根據(jù)以上職能調(diào)整，海關(guān)總署的主要職責(zé)是：
（一）研究擬定海關(guān)工作的方針、政策、法律、法規(guī)和發(fā)展規(guī)劃并組織實(shí)施和監(jiān)督檢查。
（二）研究擬定關(guān)稅征管條例及實(shí)施細(xì)則，組織實(shí)施進(jìn)出口關(guān)稅及其他稅費(fèi)的征收管理，依法執(zhí)行反傾銷、反補(bǔ)貼措施。
（三）組織實(shí)施進(jìn)出境運(yùn)輸工具、貨物、行郵物品和其他物品的監(jiān)管，研究擬定加工貿(mào)易、保稅區(qū)、保稅倉(cāng)庫(kù)、保稅工廠及其他保稅業(yè)務(wù)的監(jiān)管制度并組織實(shí)施。
（四）研究擬定進(jìn)出口商品分類目錄，擬定進(jìn)出口商品原產(chǎn)地規(guī)則，組織實(shí)施知識(shí)產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護(hù)。
（五）編制國(guó)家進(jìn)出口貿(mào)易統(tǒng)計(jì)，發(fā)布國(guó)家進(jìn)出口貿(mào)易統(tǒng)計(jì)信息。
（六）統(tǒng)一負(fù)責(zé)打擊走私工作，組織查處走私案件，組織實(shí)施海關(guān)輯私，負(fù)責(zé)對(duì)走私犯罪案件進(jìn)行偵查、拘留、執(zhí)行逮捕、預(yù)審工作。
（七）制定海關(guān)稽查規(guī)章制度，組織實(shí)施海關(guān)稽查。
（八）研究擬定口岸對(duì)外開放的整體規(guī)劃及口岸規(guī)范的具體措施和辦法，審理口岸開放。
（九）垂直管理全國(guó)海關(guān)，管理全國(guó)海關(guān)的組織機(jī)構(gòu)、人員編制、工資福利、教育培訓(xùn)及署管干部任免。
（十）研究擬定海關(guān)科技發(fā)展規(guī)劃，組織實(shí)施海關(guān)信息化管理，管理全國(guó)海關(guān)經(jīng)費(fèi)、固定資產(chǎn)和基本建設(shè)。
（十一）開展海關(guān)領(lǐng)域的國(guó)際合作與交流。
（十二）承辦國(guó)務(wù)院交辦的其他事項(xiàng)。
根據(jù)國(guó)務(wù)院規(guī)定，管理國(guó)家出入境檢驗(yàn)檢疫局。
三、內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)
根據(jù)上述職責(zé)，海關(guān)總署設(shè)１０個(gè)職能司（局、廳）：
（一）辦公廳（口岸規(guī)劃辦公室）
協(xié)助署領(lǐng)導(dǎo)研究擬定海關(guān)工作的方針政策和發(fā)展規(guī)劃，組織政策研究；負(fù)責(zé)綜合情況、審定文稿、溝通信息、組織會(huì)議、新聞宣傳、辦公自動(dòng)化、督查督辦和文書檔案管理；研究提出各類對(duì)外開放口岸的整體規(guī)劃及口岸規(guī)范的具體措施并組織實(shí)施，組織協(xié)調(diào)口岸通關(guān)中各有關(guān)部門的工作關(guān)系。

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