跨國公司的內(nèi)部貿(mào)易在一定程度上打亂了傳統(tǒng)的貿(mào)易格局，使國際貿(mào)易關(guān)系復(fù)雜化。

首先，由于內(nèi)部貿(mào)易采用轉(zhuǎn)移價格手段，達(dá)到跨國公司的特定目標(biāo)、如將資金利潤調(diào)出東道國、逃避東道國的稅收、繞過東道國關(guān)稅壁壘等等，使東道國利益受損。在現(xiàn)實中，跨國公司母國常常是發(fā)達(dá)國家，而東道國常常是發(fā)展中國家，因而跨國公司的內(nèi)部貿(mào)易使發(fā)展中國家利益受到侵害，導(dǎo)致雙方國家貿(mào)易關(guān)系緊張。跨國公司內(nèi)部貿(mào)易的逃稅、利潤轉(zhuǎn)移等u201c特殊功能u201d，使得東道國在制定對外經(jīng)貿(mào)政策時左右為難：一方面為吸引外來資金與技術(shù)，必須有鼓勵和優(yōu)惠的外來投資政策；另一方面為了要減少跨國公司內(nèi)部貿(mào)易給該國帶來的侵害，又不得不對外資制定加以限制的政策。

其次，使世界市場上通過傳統(tǒng)的u201c自由市場u201d按照公平條件進(jìn)行的交易所占比重不斷減少，而通過所謂的u201c封閉u201d市場進(jìn)行的交易則日益擴大。跨國公司利用不同地區(qū)的資源優(yōu)勢，在國際生產(chǎn)中實行分工協(xié)作，推行制造部件、集中裝配、定向銷售的經(jīng)營策略，使得跨國公司對全球性生產(chǎn)與交換的管理性加強，其內(nèi)部市場已構(gòu)成世界市場中封閉市場的重要一部分。此外，內(nèi)部貿(mào)易一方面使跨國公司自身的競爭力大大提高，壟斷實力大大增強；另一方面，它又使跨國公司之間的競爭更加激烈，局外企業(yè)在壟斷競爭的世界市場中更難以立足。