從1990年5月國務院批準建立第一個保稅區到現在，中國已建有上海外高橋、天津港、深圳福田、沙頭角和鹽田港、大連、廣州、張家港、海口、廈門象嶼、福州、寧波、青島、汕頭、珠海等15個保稅區，主管部門是海關總署。保稅區最初的功能定位是倉儲、轉口和加工，實際上是以物流為主。十多年來，全國15個保稅區的保稅倉儲、轉口貿易、商品展示功能有了不同程度的發展，具備了一定規模的國際物流基礎。 中國在2001年加入WTO時，承諾3年內將逐步放開工業品貿易權，5年內將分階段取消各類商品的市場配額和其它數量限制，這些承諾很可能使原先在保稅區投資貿易公司的外商，依據整體投資環境的優劣重新選擇投資區域，導致保稅區內貿易公司數量減少。此外，隨著服務貿易在國際貿易中的比例日益加重，中國也將按照WTO市場準入原則，最大限度地對其他成員開放服務業。這一切都將使保稅區面臨新挑戰，保稅區所享有的優惠政策會逐漸弱化，保稅區要想在競爭中求生存，必須向國際通行的自由貿易區轉型。