調查可以采取書面問卷、召開聽證會、實地調查、委托調查等方式進行，必要時，可以在征得有關國家（地區）政府同意后，派出工作人員赴該國進行調查取證。在調查過程中，商務部將可以就被指控措施或做法與有關國家（地區）政府進行磋商。發生以下情況，商務部可以決定中止調查：①被指控措施的實施國（地區）政府承諾在合理期限內取消或調整該措施的；②被指控措施的實施國（地區）政府承諾在合理期限內向我國提供適當的貿易補償的；③被指控措施的實施國（地區）政府承諾履行貿易條約或協定的義務的；④商務部認為可以中止調查的其他情形。中止調查的，亦應發布公告，并立即通知利害關系方。被指控措施的實施國（地區）政府未在合理期限內履行承諾的，商務部可以恢復調查。

貿易壁壘調查應當立案決定公告之日起6個月內結束；特殊情況下可以延長，但延長期限不得超過3個月。

通過調查，商務部根據調查結果提出調查報告或者作出處理裁定，并發布公告。如果被指控的措施或做法被認定構成貿易壁壘，商務部視情況采取如下措施：進行雙邊磋商、啟動WTO多邊爭端解決機制或采取其他適當措施。