二十世紀六十年代初，國家總理周恩來和外交部長陳毅決定創辦外國語學校。

1963年，上海、北京、天津、南京等八所外國語學校成立。江蘇省教育廳受教育部的委托，負責在南京籌辦南京外國語學校。

1990年，南京外國語學校被評為江蘇省重點中學。

1999年，南京外國語學校開始對本部和分部校園進行改造。

2002年，南京外國語學校首開中加班，這也是南京市第一個由公辦高中開設的國際班。

2006年，南京外國語學校通過劍橋大學國際考試委員會（CIE）的檢查和審批成為其國際考試中心（注冊號CN545），學校開設u201c劍橋國際高中課程實驗班u201d，引進劍橋高中課程（GCE A-Level）^[2]。

2007年，南京外國語學校開辦新南威爾士大學預科項目（中澳預科班）；同年10月，該校體育館建成，并舉行落成典禮^[3]。

2003年，南京外國語學校創建仙林分校。

2009年，南京外國語學校本部和分部校園改造全面竣工。

2012年，南京外國語學校開辦河西分校以及南京市浦口外國語學校。