根據上述職責，福清市對外貿易經濟合作局設6個內設機構：

（一）辦公室

綜合協調局機關工作，督促重大事項的落實；負責局機關文電、綜合性文稿的起草、政務信息、會務、機要、保密、檔案、通信、文印等事務；協同有關部門辦理邀請境外人員來融商務活動，負責外經貿系統行政及企業人員出國（境）經貿團組審核和轉報；負責局機關財務、國有資產管理和其他行政后勤工作；負責黨群和教育工作。[1]

（二）外資科

管理我市對境外和港澳臺地區的招商引資和投資促進工作，擬訂相關招商計劃、方案，組織參加重大招商活動；建立健全招商項目庫和客商資料庫，做好外資項目和投資客商的跟蹤服務工作；管理和服務全市外商投資工作，貫徹和實施外商投資的政策、法規和規章；指導、管理和服務我市外商投資項目合同、章程的核準和審核轉報；按照規定審批外資企業設立境內分支機構；負責我市企業技術進出口合同的核準和審核轉報；監督外商投資企業執行有關法律法規和合同章程情況并協調解決有關問題；負責制定全市利用外資計劃和統計工作。

（三）外企科

貫徹實施國家有關外商投資企業管理和對外貿易的法律、法規和政策；負責全市加工貿易管理和加工貿易類業務、機電產品及貨物自動進出口類業務的審核審批；負責全市外商投資企業生產經營的日常管理和服務，貫徹落實國家、省、福州市外貿進出口相關政策，推動全市外貿企業技術改造、轉型升級，促進全市出口商品基地和出口品牌體系建設；牽頭組織、協調全市外商投資企業的聯合年檢工作；負責全市外資生產性企業生產經營月報統計和全市企業進出口月報統計匯總和分析工作。

（四）經貿合作科

負責管理我市企業赴境外投資和國際經濟技術合作工作；負作；負責我市對外貿易經營者經營資格備案登記及其管理工作；負責國際貿易摩擦應對，協調對我市出口商品的反傾銷、反補貼、保障措施等方面的應訴及相關工作；協調我市有關部門、中介組織和企業開展與進出口公平貿易相關的宣傳、培訓和咨詢工作；參與協調銀貿、稅貿、科貿、險（保險）貿等協作；負責設立對臺小額貿易公司初審、轉報批與管理。

（五）投資促進科

負責擬定全市招商引資的總體規劃、年度計劃；負責全市招商引資年度目標的任務分解、統計分析、考核評價，并提出獎懲意見；負責全市招商引資政策、投資環境和城市形象的宣傳推介，編制全市投資指南；加強招商投資環境建設，負責受理投資企業及投資者的投訴事項，協調處理有關問題；負責全市招商信息管理系統的建設、運行及招商信息的網上發布。指導全市對中央企業及大型國有企業、外資（含港澳臺）企業和民營企業的招商引資和投資促進工作。擬訂相關招商引資、投資促進年度計劃和工作方案；組織、協調有關招商活動；負責與境內外相關投資促進機構的聯系；建立健全招商項目資料庫和重點客商名錄庫；負責招商項目的綜合協調、跟蹤推進和督促指導，做好對接工作，促進項目落地；負責相關招商引資、投資促進的統計分析和考核評價；指導市直有關部門做好招商引資、投資促進工作。承擔有關出國（境）招商組團工作。

（六）口岸管理科

負責擬訂并組織實施全市口岸發展規劃和年度開放計劃；負責全市口岸運行的協調管理，負責全市口岸開放、整頓、關閉和設立外貿作業點的協調、審核、驗收、申報，統籌協調并督促落實口岸查驗配套設施的規劃和建設；負責口岸工作有關統計和分析；負責協調和處理有關口岸事務中的爭議問題；負責組織推進和協調全市口岸大通關建設，負責全市口岸通關環境建設和大通關績效評估等有關工作；負責全市大通關熱線咨詢、投訴受理，負責協調口岸通關事務；負責福建電子口岸（福清）建設的管理協調工作；承擔市口岸大通關協調領導小組的日常工作。