根據工作任務，市口岸辦設置2個職能科室：

協助本辦領導協調機關工作；提出中、長期口岸建設的建議，提出口岸建設投資的分配、使用意見；制訂機關工作制度；負責會議組織、文電處理、信訪、保衛、檔案、保密、機關行政事務管理等工作；負責口岸的內外宣傳、教育培訓工作；負責口岸綜合性文件、材料的起草工作；負責機關組織、人事、勞資、紀檢、監察工作；負責機關財務與后勤管理工作。

檢查監督國家有關口岸工作的方針、政策和法規在本地區口岸的執行情況；研究制訂本地區口岸管理的具體辦法和實施細則，并負責監督檢查；負責監督檢查口岸、查驗監管單位及直接為口岸服務的部門按各自的職責和規定進行查驗、監管工作；協調查驗單位之間工作關系，幫助處理有關問題；負責新開口岸的可行性研究、審理和報批工作；參與口岸管理、查驗制度改革及有關政策擬訂；負責本地區口岸服務業務指導；參與對外開放、經濟協調的指導工作；負責出口加工區、保稅物流中心等口岸生產經濟單位的監督指導工作；負責協調和指導打擊走私等相關工作；負責本系統對外經濟統計分析工作。