市商務局機關編制58名，其中行政編制47名，參照公務員法管理事業編制11名。設局長（主任）1名，副局長4名，口岸辦副主任1名。科級領導職數32名，其中正處長（主任）16名（含機關黨委專職副書記1名），副處長（副主任）16名。

市商務局所屬事業單位的設置、職責和編制事項另行規定。

市商務局行政權力事項按《連云港市商務部門行政權力清單》規定執行，清單之外禁止擅自設置或行使行政權力。

本規定由市委、市政府負責解釋，其調整由市委機構編制委員會辦公室按規定程序辦理。