根據上述職責，省鄉鎮企業管理局設7個職能處（室）：

辦公室

綜合協調機關各處室的工作；負責會務、文秘、機要、保密、檔案、信訪、信息、提案議案處理及重要文件的起草工作；組織制訂機關內部管理的各項規章制度；負責機關的后勤、保衛工作；負責扶貧工作。

人事組織處

負責局機關和直屬單位的思想政治教育、人事和機構編制管理、黨務、紀檢監察、工會工作；負責離退休人員的服務與管理工作；負責涉外人員的政審和管理工作。

計劃財務處

編制全省鄉鎮企業中長期發展規劃和年度綜合計劃；會同有關部門制訂農村富余勞動力轉移規劃；負責鄉鎮企業定期報表的年度統計；指導鄉鎮企業的財務會計、內部審計工作；負責鄉鎮企業的生產發展基金及事業費的使用管理；指導鄉鎮企業的資產評估和內審工作。

企業管理處

負責指導全省鄉鎮企業的經營管理；實施鄉鎮企業改革計劃和方案，推進鄉鎮企業建立現代企業制度；配合有關部門做好鄉鎮企業的勞動保護、安全生產、環境保護工作。

科技教育處

負責全省鄉鎮企業的科技進步，新產品開發和質量、標準、計量管理工作；規劃指導鄉鎮企業的教育培訓工作。

產業指導處

研究擬定有關鄉鎮企業技術改造的政策措施，引導鄉鎮企業的產業結構、產品結構的調整，指導鄉鎮企業能源開發、資源節約及綜合利用、工業區建設；協助有關部門做好鄉鎮企業工業生產許可證的管理工作；負責省際間鄉鎮企業的經濟合作；負責協調和指導鄉鎮企業出口創匯和外經、外貿、外資工作。

政策法規處

監督、指導有關鄉鎮企業政策法規的貫徹落實；負責調查研究，掌握鄉鎮企業發展動態，為領導提供決策依據；組織起草和制訂有關鄉鎮企業地方性政策法規文件；參與局重要文件和材料的起草；負責局機關的行政應訴和行政復議工作。^[2]