辦公室 　 協助局領導組織、協調、處理機關日常工作；承辦機關文秘、信息、宣傳、督查、檔案、機要、信訪、提案、保密及機關后勤行政管理工作。

政策法規處 　 組織起草全市有關發展中小企業的地方性法規和規章，監督檢查有關發展中小企業法律法規的執行情況；研究提出有關扶持中小企業改革與發展的綜合性政策建議；指導各類中小企業改革，引導中小企業建立現代企業制度；促進建立和發展中小企業產權及相關要素市場，指導中小企業股份制改造和上市工作；指導中小企業服務體系建設；督促中小企業依法經營，維護其合法權益；指導本系統各類協會、學會和社團工作。

發展規劃處 　 研究提出中小企業發展戰略、中長期規劃和年度目標；研究提出中小企業扶持資金的籌集、管理和使用辦法，負責省級中小企業發展基金、鄉鎮企業發展基金和省級財政有關專項扶持資金、省級基本建設資金、技改資金和能源基金等其它有關中小企業扶持資金的項目管理和初審、申報；指導中小企業的外事、外經、外貿工作；組織中小企業開展國際經濟合作與交流，參與組織中小企業國際市場開拓資金項目申報工作；承擔市促進非公有制經濟發展領導組日常工作。

產業指導處 　 貫徹執行國家和省、市產業政策，研究提出中小企業產業發展方向、重點和有關政策，指導中小企業產業結構和布局結構調整；指導全市農副產品加工業發展；指導地區間、企業間的協作聯合，組織開展招商引資、產品展銷等活動；指導全市中小企業發展園區建設；負責中小企業類型劃分和認證工作；配合有關部門做好中小企業環保節能、安全生產、勞動用工等工作；負責管理市副食品基地建設基金。

經濟監測處 　 監測、分析、預測全市中小企業運行態勢和發展特點，組織對中小企業經濟運行中出現的重大問題進行調查研究，并提出對策和建議；會同有關部門研究制定中小企業統計制度，并組織實施；負責中小企業統計數據、報表的匯總、分析和經濟信息的收集、整理、分析和發布工作；研究提出促進中小企業創業輔導服務體系建設的政策措施，建立和完善創業輔導體系，配合有關部門做好再就業工作。

科教質量處 　 研究提出全市中小企業職工和企業管理人員培訓政策和措施，制定教育培訓計劃和年度計劃并組織實施；指導全市中小企業人才開發、引進以及職工教育、職稱評審、技術進步、產品開發等工作；建立完善中小企業技術創新支撐體系，指導中小企業創新基地建設，參與中小企業新技術、新產品鑒定有關工作和重大科技成果的推廣應用；組織開展國際、國內技術交流與合作，推進中小企業產學研聯合工作；參與指導、管理民營科技企業，負責民營科技企業、科技型中小企業創新基金項目申報工作；配合做好中小企業質量管理工作。

融資財務處 　 研究提出改善中小企業融資環境的政策措施，協調解決中小企業融資的有關重大問題；指導中小企業直接融資工作，引導、推動民間資金和風險投資機構投資中小企業；推進中小企業信用制度建設，會同有關部門建立和完善信用征集及評價體系；指導中小企業信用擔保體系建設，引導規范信用擔保行業發展，制定并實施中小企業信用擔保支持計劃；協調落實中小企業獲得政府采購份額的有關工作。

人事處 　 配合有關部門做好全市中小企業黨建、工會等工作和精神文明建設工作；負責局機關的機構編制、勞動工資、干部人事工作；負責本系統出國人員政審工作。負責機關和老干部黨群工作。

離退休人員管理處 　 負責原市鄉鎮企業管理局機關離退休人員的管理服務工作；負責機關離退休人員的政治活動、醫療保險、生活福利等工作。紀檢、監察機構按有關規定設置。