第五條 商務部是出口加工區加工貿易的政策業務主管部門。出口加工區管理委員會（以下簡稱管委會）負責出口加工區加工貿易業務管理工作，出口加工區所在省、自治區、直轄市、計劃單列市、新疆生產建設兵團及哈爾濱、長春、沈陽、南京、廣州、成都、西安、武漢市商務主管部門（以下簡稱省級商務主管部門）歸口管理其加工貿易業務。

第六條 出口加工區要遵循國家有關產業政策導向，著力吸引技術水平高、增值含量大的加工貿易企業和帶動配套能力強的大型下游企業入區。出口加工區內禁止開展高耗能、高污染等不符合國家產業政策發展要求的加工貿易業務。東部沿海地區的出口加工區要提高產業層次，不再新批低水平、低附加值的勞動密集型企業入區；中西部地區的出口加工區要結合本地區自身優勢，有選擇地發展當地特色出口加工業，并積極承接東部沿海地區梯度轉移的產業。

第七條 出口加工區內企業開展加工貿易業務，須憑企業設立的有效批準文件，向管委會提交開展加工貿易業務的書面申請報告，對有特殊規定的項目，須提供有關部門出具的相關批準文件。申請報告要說明企業開展加工貿易業務的方式和內容，并附需要進口的加工生產用設備、料件或需要出口的制成品清單。

第八條 管委會收到企業申請后，要按照國家有關規定進行審核，對符合條件的加工貿易業務，在10個工作日內簽發《出口加工區加工貿易業務批準證》和所附清單（格式附后），海關憑加蓋管委會印章的《出口加工區加工貿易業務批準證》為企業進行注冊備案。

第九條 在具備條件的地區，企業應通過'口岸電子執法系統'向管委會報送申請報告和所附清單，管委會通過'口岸電子執法系統'核準企業報送的申請和所附清單，海關憑管委會核準的電子文件進行注冊備案。

第十條 出口加工區內企業在海關辦理注冊備案后，方可在管委會批準的范圍內開展加工貿易業務。如需開展超出原批準范圍的加工貿易業務，須按本辦法第七條規定到管委會辦理核準手續。

第十一條 管委會要在每年1月15日前將上一年度出口加工區審批情況匯總，并報省級商務主管部門，省級商務主管部門將相關材料報商務部。