增值稅的理論稅負與企業實際申報表體現的增值稅實際稅負之間通常有很大的出入，這主要是增值稅的應納稅額及實際稅負與其期初留抵進項、本期進項到位程度及進項稅額轉出，本期銷項多少有關，增值稅理論稅負可根據上述公式計算，是一個固定值，而實際稅負脫離理論稅負上下變動通常有如下的原因：

1、當企業期初留抵進項與期初存貨余額所應包含的進項稅額不比對時，會對本期增值稅的稅負產生影響，如期初留抵進項稅額大于期初存貨應包含的進項稅額，則會降低本期增值稅實際稅負率，因為其留抵進項有一部分沒有與之相對應的存貨存在，該部分進項稅額不產生相應的銷項稅額，必然占用其他存貨銷售的銷項稅額；如期初留抵進項稅額小于期初存貨應包含的進項稅額，如期初存貨在本期實現銷售，則會提升本期增值稅實際稅負率，因為期初存貨中有一部分沒有進項稅額，而又因其實現銷售而產生銷項稅額；

2、上期有較大暫估入庫商品，已在上期銷售，而進項發票在本期收到并抵扣，則該會計事項會降低本期增值稅實際稅負率，因為本期該部分進項參與抵扣，但卻由于不存在與之對應的存貨存在，從而不產生相應的銷項稅額；

3、當本期已銷商品，由于未及時取得進項發票而在會計上做暫估入庫處理，由于該商品已產生銷項稅額，因為進項發票未到沒有進項稅額抵扣發生，故會提升本期增值稅實際稅負率；

4、當本期采購之存貨未完全實現銷售，但其進項已全額抵扣，從帳面上的體現是存貨庫存越來越大，進項與銷項不配比，如進貨60噸，銷貨40噸，其中進貨20噸的進項會抵減銷貨40噸所產生的毛利的銷項，會產生零稅負或低稅負，此時也會降低增值稅實際稅負率，如新辦工商企業，存貨增加會吃進進項，進而會造成稅負低下或零稅負，即是如此。

5、本期銷售數額大于與銷售數額對應的采購數額，則會提升本期增值稅實際稅負率，比如進貨60噸，但銷貨80噸，其中多銷貨之20噸貨物會提升增值稅實際稅負率。

6、企業從小規模納稅人處采購商品未取得增值稅專用發票，或雖從一般納稅人處采購商品，但未取得增值稅專用發票，而是取得增值稅普通發票，不能抵扣進項稅額，從而使企業多交增值稅，進而提升增值稅實際稅負率。

7、企業購入固定資產抵扣進項也會降低企業增值稅實際稅負，如工業企業成立第一年由于大量購置并抵扣固定資產進項，會形成低稅負或零稅負，即是如此。