增值稅實際稅負率高而毛利低，屬于理論稅負小于實際稅負，盡管其實際稅負可能正常，但由于其毛利太低，有成本不實的嫌疑，應該進行調查，不要被其表面現象迷惑；對于當期增值稅稅負率低而毛利高，屬于理論稅負大于實際稅負，應著重調查其帳面存貨是否存在，是否有推遲收入實現，是否有抵扣前期已實現銷售之存貨的進項稅額存在，如果其帳面列示的存貨不存在，則企業可能有延期確認收入或隱匿收入的嫌疑，應對其進行實質性調查。