威廉二世曾在當年6月表示：必須大舉進攻北京，將它夷為平地（Peiking muss regelrecht angegriffen und dem Erdboden gleichgemacht werden）。此后不久，德國駐華公使克林德被殺，威廉二世旋即下令進行軍事報復，中德關系跌落至最低點。事實上，義和團運動最先起于山東省，而山東省正是德國的勢力范圍。在義和團戰爭中，威廉二世要求德國軍隊像當年的匈奴軍隊一樣無情消滅中國人，這段比喻令德國軍隊在兩次世界大戰中被稱為u201c匈奴兵u201d。

中國向與之交戰的11國（參加聯軍的八國以及未出兵的西班牙、比利時、荷蘭）賠款白銀4.5億兩，其中德國獲得9007萬兩，占賠款總額的五分之一。此外清朝還派醇親王載灃前往德國，就克林德公使被殺一事向德國謝罪，并在克林德被殺的東單路口樹立牌坊以示紀念。

中德關系在辛丑條約后得到了一定程度的恢復。執掌清朝政權的慈禧太后試圖依賴德國的先進工業和技術，實現1898年被她親手中斷的維新運動。在這段時期里，德國對中國法律的影響也很大。在清朝滅亡前夕，中國的改革者仿照日本的先例，參照德國民法典，制訂了清朝的第一部民法。