新的《管理辦法》主要對以下幾個方面進行了修改：

1. 關于技術進出口合同登記管理體制：

根據新老《管理辦法》第四條及第五條的規定，我們發現：新《管理辦法》刪除了重大項目的相關規定，取而代之的是新《管理辦法》指定商務部負責對《政府核準的投資項目目錄》和政府投資項目中由國務院或國務院投資主管部門核準或審批的項目項下6的技術進口合同登記進行管理的規定。

2.關于技術進出口合同的生效與辦理登記的期限：

新《管理辦法》技術進出口合同的生效與辦理登記期限做了規定。具體如下：自由進出口技術合同自依法成立時生效。

3. 關于對自由進出口技術合同實行網上在線登記管理：

新《管理辦法》還修改了自由進出口技術合同網上在線登記管理的規定。根據新《管理辦法》第八條的規定：技術進出口經營者應登陸商務部政府網站上的'技術進出口合同信息管理系統進行合同登記

4. 關于辦理合同變更手續：

綜上，修訂之后的《管理辦法》明確了技術進出口合同登記管理體制，行政職能的履行，登記管理的方式以及辦理變更手續的操作，無論從行政管理還是實務操作角度都相較之前的《管理辦法》更加完善、易于操作。