企業辦理合同備案海關手續應提交的單證及流程如下：
    （一）應提交單證
    1．經營企業對外簽定的進出口合同一式兩份；
    2．外經貿部門簽發的《加工貿易業務批準證》一式兩份；
    3．本年度《加工貿易加工企業生產能力證明》復印件一份；
    4．《合同執行情況表》；
    5．《登記手冊》；
    6．《合同預錄入呈報表》一份；
    7．新產品生產工藝流程圖及成品所需料件單耗情況；
    8．外貿、工貿公司進料加工還需提供主管出口退稅的稅務機關簽章；
    9．按規定需提交的其他單證。
    （二）作業流程
    合同預錄入—向海關申報--海關審核—海關簽發《銀行保證金臺帳開設聯系單》—企業到指定銀行辦理臺帳登記手續—海關登記《銀行保證金臺帳登記通知單》——核發《登記手冊》。