合肥海關于1989年5月建成開關，是海關總署垂直領導的正廳級單位。下轄蕪湖海關、安慶海關、馬鞍山海關、黃山海關、蚌埠海關、銅陵海關、阜陽海關、池州海關共8個隸屬海關。

合肥海關現內設17個部門，其中副局級機構1個，正處級機構16個，分別為：辦公室、關稅處、監管通關處、審單處、綜合統計處、稽查處、風險管理處、緝私局（副局級）、技術處、財務處、人事教育處、思想政治教育工作辦公室（機關黨委辦公室）、監察審計室、現場業務處、駐駱崗機場辦事處、中國電子口岸數據中心合肥分中心、合肥海關機關服務中心。合肥海關共有關警員340余人，平均年齡35.5歲，其中95%為大專及以上學歷。

合肥海關遵照中央和總署的各項決定和指示，緊密結合關區工作和地方實際，與時俱進，開拓創新，以加入長三角區域通關改革的實際行動表達對地方的支持，同時推出支持安徽奮力崛起的實施意見和重點業務改革舉措。牟新生署長視察我關時題詞“服務經濟，促進崛起”。

合肥海關將以改革、創新、發展為工作的主線，不斷深化“特色海關”建設，更新服務理念，創新服務手段，提高服務水平，在辦精品業務，創金牌服務和建人文環境方面積極努力，充分發揮海關各項職能，為促進地方經濟發展作出應有的貢獻。