洋浦保稅港區海關是隸屬于海口海關的處級海關，于2008年10月13日通過海關總署驗收，同年11月20日正式封關運作。 　洋浦保稅港區海關現辦公于洋浦保稅港區綜合大樓一樓東側。

　一、職能設置

　洋浦保稅港區海關的業務管轄范圍為洋浦保稅港區內企業。為了方便企業辦理海關業務，目前由保稅港區海關負責經濟開發區內和港區內企業的監管、通關工作，從神頭港以外的港口進出境的船舶也由保稅港區海關負責監管。同時負責對轄區內進出境運輸工具、貨物、物品等實施監管；對進出口貨物、進出境物品征收關稅和其他稅、費；打擊走私違法犯罪活動；審核、上報海關統計數據；辦理其他海關事務。

　二、機構設置

　洋浦保稅港區海關首期配置43人。洋浦保稅港區海關關領導職數為3個，關長（正處級）1名、副關長（副處級）2名；內設4個科級機構，即通關科、監管科、綜合科、物流監控科。目前有派駐工作人員37名。

　三、業務概況

　該關自成立近一年來，隨著洋浦經濟建設的不斷發展，業務量也有了較大增長。截止2009年10月共辦理企業注冊登記11家，監管進出口貨物77.3萬噸；進出口貨值1.80億美元；監管進出境運輸工具276艘次；征收船舶噸稅58.05萬元，；征收貨物稅款3177萬元。