外商投資企業（包括中外合資、中外合作及外商獨資企業）辦理進口設備減免稅手續，分二步：
一、企業減免稅登記備案
外商投資企業應向海關提供以下單證：
①《國家鼓勵發展的內外資項目確認書》（結轉項目不需提供）；
②外經貿部門的批準項目設立文件；
③外經貿部門核發的外商（或港澳臺僑胞）投資企業批準證書（復印件）；
④工商行政管理部門頒發的營業執照（復印件）；
⑤企業的合同、章程；
⑥銀行基本帳戶開戶許可證；
⑦海關認為需要提供的其他單證；
上述文件經海關審核認可后，再填寫《減免稅項目備案審批表》，經海關審核后，申請人交預錄入部門錄入生成備案審批表，供海關審批。
二、申辦《進出口貨物征免稅證明》
辦結減免稅項目備案后，在貨物進口前，外商投資企業可持進出口合同等相關單證，填寫《進出口貨物征免稅申請表》，經海關審核認可后，申請人交預錄入部門錄入生成《海關進出口貨物減免稅審批表》，海關經三（四）級審批后，簽發《進出口貨物征免稅證明》。
三、辦理《進出口貨物征免稅證明》必需提供的單證：
①《進出口貨物征免稅證明申請表》
②進口合同及設備清單；
③發票及裝箱清單；
④外商投資企經外經貿部門批準進口設備的批文；
⑤海關認為需要提供的其他資料。（如稅則歸類所需進口設備的產品說明）
四、填寫《進出口貨物征免稅證明申請表》
詳見填寫說明。
注意事項：
1.申請企業提供的文件、單證必須真實、合法、有效，否則將承擔由此造成的法律后果。
2.填寫的“申請表”交由預錄入部門錄入打印后，需仔細校對，確保無誤。任何數據錯誤，都將導致《進出口貨物征免稅證明》在報關時無法使用。
3.根據國家對外商投資企業的有關規定，除國家特準可以從事商業和一般貿易的外商投資企業以外，企業只應在其經營范圍內進口本企業自用的機器設備、原材料和其它物資并出口自產產品。外商投資企業不得經營一般貿易，如企業由于特殊原因確需在國內出售進口的原材料和其它物資，須經外經貿部批準。