便捷通關企業可應用中國電子口岸平臺自理報關，在企業辦公地點直接向進出口地或主管地海關自行辦理正式報關手續，企業一次輸入所有通關數據，各進出境管理部門之間數據聯網傳輸，海關審核報關單電子數據后發送電子回執，由企業自行派人或委托代理人在貨物通關現場向海關辦理交單審核及貨物驗放手續。有條件的海關還可實行與指定銀行聯網電子劃款交納稅費，海關向企業發出電子繳款通知后，驗憑銀行轉賬電子回執驗放貨物。
在預錄入及聯網申報環節，海關通關系統不再對報關單進行艙單強制檢查和退單，即對于有艙單號但海關無艙單電子數據的報關單，允許繼續完成預錄入并向海關正常申報，允許其進口貨物報關單填報時“運輸工具名稱”及“提運單號”兩欄目為空，事后補辦艙單核銷手續。
在審單環節，若企業申報的艙單在海關的艙單庫中無記錄，則先不進行核注。