俄聯邦海關署成立于2004年3月，直屬于俄聯邦政府領導。署長和副署長由俄聯邦政府直接任免，各地區海關局局長、直屬海關關長及其他海關官員的任免按聯邦海關署署長確定程序辦理。

俄羅斯海關實行垂直管理體制，統一管理全國海關，在組織機構上可分為四個層次：海關署、直屬地區海關局（直屬海關）、隸屬海關、海關監管點。署機關內設21個局（即組織監督總局、信息技術總局、海關監管總局、反走私總局、商品目錄和貿易管制總局、后勤保障總局、聯邦海關收入局、財經總局、監督審計局、外匯監管局、條法局、行政事務局、干部局、社會聯系局、海關安全局、稽查局、海關合作局、海關統計分析局、調查局、強力保障局、法制局）；7個直屬地區海關局（分設在俄聯邦七大行政區中，即中央海關局、西北海關局、遠東海關局、南方海關局、西伯利亞海關局、烏拉爾海關局、伏爾加河沿岸海關局），直屬海關5個（弗努科沃機場海關、達瑪捷多瓦機場海關、謝列梅捷沃機場海關、中央消費稅海關、中央能源海關），直屬專業化地區海關局4個；隸屬海關127個；海關監管點709個、監管口岸446個。此外，俄海關共有8個駐外代表處（駐白俄羅斯、烏克蘭、哈薩克、吉爾吉斯、芬蘭、德國、比利時和中國），海關學院1個、分院3個（擬增至6個）。世界海關組織歐亞經濟共同體成員國教育培訓中心設在俄海關學院，獨聯體地區信息情報聯絡中心設在莫斯科。

俄羅斯海關現有關員64000余人。其中，署機關人員為1882人，1/3關員帶有關銜，2/3關員不帶關銜，按國家公務員管理。俄羅斯聯邦海關署現有署長1人、副署長5人（6位副署長的編制）。現任署長為別利亞尼諾夫。

俄羅斯海關的基本職能是：監管、征稅、絹私、統計和其它海關業務。

每年10月25日是俄羅斯海關日。