巴西海關(guān)事務(wù)由財(cái)政部下屬的聯(lián)邦稅務(wù)總局負(fù)責(zé)。
巴西海關(guān)的主要職責(zé)包括：制定和執(zhí)行海關(guān)政策，監(jiān)督檢查外貿(mào)法規(guī)的執(zhí)行情況；征收關(guān)稅；實(shí)施進(jìn)口貨物事后稽查；實(shí)施海關(guān)監(jiān)管制度；組織反傾銷調(diào)查；實(shí)施知識(shí)產(chǎn)權(quán)邊境保護(hù)和對(duì)貨幣進(jìn)出境進(jìn)行監(jiān)管等。
聯(lián)邦稅務(wù)總局國務(wù)秘書（副部級(jí)）是海關(guān)最高領(lǐng)導(dǎo)人，1名副國務(wù)秘書分管海關(guān)事務(wù)。全國稅務(wù)與海關(guān)分為10個(gè)納稅區(qū)，有的管理海關(guān)事務(wù)，有的沒有海關(guān)事務(wù)。
聯(lián)邦稅務(wù)總局系統(tǒng)共有25000人，其中海關(guān)人員有3947人（管理人員2310人、技術(shù)人員1637人）。除在聯(lián)邦稅務(wù)與海關(guān)總局負(fù)責(zé)海關(guān)事務(wù)的人員79人外，其他人員分布在全國59個(gè)內(nèi)陸口岸、56個(gè)邊境保稅（區(qū)）倉、94個(gè)港口和29個(gè)機(jī)場(chǎng)免稅店、29個(gè)快件監(jiān)管場(chǎng)所。全國共有502個(gè)海關(guān)監(jiān)管點(diǎn)。如，在內(nèi)陸口岸阿那坡里斯有2名海關(guān)人員，桑托斯海關(guān)有325人。
根據(jù)聯(lián)邦稅務(wù)與海關(guān)總局制定的海關(guān)條例，所有貨物的報(bào)關(guān)程序均需通過“巴西外貿(mào)網(wǎng)”(SISCOMEX)進(jìn)行。貨物申報(bào)單在該網(wǎng)立案之日起即為報(bào)關(guān)程序的開始，該網(wǎng)正式通知貨物通關(guān)授權(quán)之日起即為報(bào)關(guān)程序的結(jié)束。申請(qǐng)者通過該網(wǎng)可隨時(shí)在電腦上查看報(bào)關(guān)程序的進(jìn)展情況。
巴西海關(guān)對(duì)報(bào)關(guān)進(jìn)出口貨物實(shí)行抽檢的方式，即按照綠色、黃色、紅色三種不同顏色的通道分類處理。
1、綠色通道，即報(bào)關(guān)貨物可全部免檢，并自動(dòng)通關(guān)。約有64%的進(jìn)口貨物、80%的出口貨物通過這一通道報(bào)關(guān)進(jìn)出口；
2、黃色通道，即僅檢查報(bào)關(guān)文件，經(jīng)核實(shí)后，貨物自動(dòng)通關(guān)。約有17.3%的進(jìn)口貨物、19%的出口貨物通過這一通道報(bào)關(guān)進(jìn)出口；
3、紅色通道，即報(bào)關(guān)文件和貨物均需經(jīng)過檢查后方能通關(guān)。約有18.2%的進(jìn)口貨物、1%的出口貨物通過這一通道報(bào)關(guān)進(jìn)出口。另外，進(jìn)口貨物還有灰色通道，即產(chǎn)品經(jīng)過容許后才能訂貨和報(bào)關(guān)進(jìn)口，約占進(jìn)口貨物總量的0.5%。