很多貨主在出口冷藏(凍)貨物裝箱時，喜歡將集裝箱預冷至設定溫度，這種做法其實是不科學的，對貨物和集裝箱都有可能帶來負面影響，從而不能保證高品質的集裝箱冷藏(凍)運輸。原因是，如果裝貨前預冷過集裝箱，那么在打開柜門準備裝貨時，外界高溫度、高濕度的空氣將會大量地進入柜內與低濕度、低溫度的空氣匯合，這會使得大量的水珠凝結在集裝箱內壁上，這些水珠不僅會滴到貨物的外包裝上從而影響外包裝的美觀，而且會影響集裝箱制冷系統的運作，從而有可能對貨物品質帶來不利影響。因為這些冷凝出來的水份必須由集裝箱制冷系統中的蒸發器來排除，而這些冷凝出來的水份經過蒸發器盤管時就會結冰、這將使得制冷系統進行一次短暫的除霜過程。另一方面，蒸發器還必須除去以下三部分熱量：裝貨時通過柜門而直接進入柜內的熱量；穿過柜壁而透進柜內的熱量；鮮貨活貨因新陳代謝而不斷產生的熱量。可以想象，如果冷藏集裝箱需要除去額外熱量和濕度越多，那么主要應用來冷卻貨物本身的制冷量就會越少。 　因此，出口冷藏(凍)貨物裝箱時最好不要預冷集裝箱，這在熱帶、亞熱帶地區及夏天高溫季節裝箱時更要注意科學的冷藏(凍)貨物裝箱方法應當是預冷貨物至設定溫度，然后將貨物通過冷庫與冷藏集裝箱之間的隔熱通道快速裝入集裝箱。當然，在預冷的集裝箱溫度與冷庫溫度相同，并且在冷庫與集裝箱之間有一條隔熱通道的情況下是可以在裝貨前預冷集裝箱的。