1543年葡萄牙人漂流至種子島。葡商船之前已經到達琉球，琉球人得知葡船攻擊并占領馬六甲，因而拒絕與之交易。然而日本商人因明朝的海禁而無法直接與大陸通商，故而愿意與葡商船進行貿易。從此葡商船開始由馬六甲來日本。1557年葡萄牙獲得澳門的使用權，以其為據點交易葡明日的三國的商品。葡王室也開始整頓與日本的貿易，以招標形式向商人出售單獨與日本交易的權利。

葡萄牙船只最初在1550年來航松浦隆信領下的平戶。1557年開始，葡萄牙政府的官許船開始正式來航平戶。1561年在平戶港發生了葡萄牙船員被殺害的宮前事件，于是葡萄牙人另覓據點，將貿易據點先后遷往大村純忠領下的橫瀬浦（今西海市）、福田浦（今長崎市福田本町）、口之津（今南島原市口之津町）等地。最終葡萄牙人選定長崎作為貿易據點，于是大村純忠在1570年開放長崎為對外貿易港。翌年，葡萄牙商船首次來航長崎。此后，葡萄牙商船固定每年來航長崎，長崎作為葡萄牙的貿易港逐漸發展起來。

織田信長與豐臣秀吉政權基本上對南蠻貿易取支持態度。西班牙繼葡萄牙之后也經由美洲大陸開辟了太平洋的航路，以呂宋島馬尼拉為據點前來日本進行貿易。德川家康對對西貿易持積極態度，曾在1610年派遣京都的商人田中勝介前往西班牙統治下的墨西哥。此外為了獨占與葡商交易生絲的利益，幕府于1604年建立了u201c絲割符制度u201d，只允許特定的商人集團輸入和向國內商人售賣生絲。家康當政時取締基督教但允許貿易。

荷蘭人被日本人稱為u201c紅毛人u201d，與葡萄牙等南歐人被稱為u201c南蠻人u201d不同。1600年荷蘭人搭乘Liefde號意外漂流來到日本九州。1605年，兩名荷蘭人受德川家康委托前往北大年王國（在馬來半島東北部），邀請荷蘭人來日交易。因忙于應付與葡萄牙在東南亞的對立，當時的荷蘭商務據點的管理官并未接受。但1609年荷蘭人Jacques Specx率兩艘船到達平戶，并獲得德川家康的朱印狀許可進行貿易。直到1641年平戶荷蘭商館遷移到出島為止的30年間，平戶一直作為日本最大的南蠻貿易港之一而繁榮著。荷蘭同時也參與海盜活動與海戰，以削弱西葡在太平洋的勢力，并最終成為之后兩個世紀日本唯一許可作交易的歐洲國家。交易地點在長崎出島。

后來為進一步禁止基督教并防止西部的大名擴張勢力，幕府開始限制與外國的貿易。交易地點被限制在平戶與長崎。1624年西班牙商船被禁止來日，1639年葡萄牙船也被禁止。平戶的貿易被禁止，鎖國體制建立，南蠻貿易終結。