國內船舶代理通常由縣級以上交通運輸主管部門或其委托的航運管理機構（統稱水路運輸管理部門）管理，《國內水路運輸管理條例》第四條^[2]）。國際船舶代理由國務院交通主管部門和有關的地方人民政府交通主管部門管理（《中華人民共和國國際海運條例》）。行業監管從行政許可到備案根據《國內水路運輸管理條例》相關規定，新成立的國內水運船舶代理應當自企業設立登記之日起15個工作日內，向所在地設區的市級人民政府負責水路運輸管理的部門備案。而從事國際船舶代理業務的企業，應當在開業后30日內持營業場所證明文件和有關人員資歷證明文件向交通運輸部備案（具體由中國船舶代理及無船承運人協會實施）。未履行備案程序將會被處罰根據《國內水路運輸輔助業管理規定》第三十六條規定，水路運輸輔助業務經營者違反本規定，由其所在地縣級以上人民政府水路運輸管理部門責令改正，處2000元以上1萬元以下的罰款；一年內累計三次以上違反本規定的，處1萬元以上3萬元以下的罰款。同時港口經營人不得指定船舶代理，港口經營人為船舶所有人、經營人以及貨物托運人、收貨人指定水路運輸輔助業務經營者，提供船舶、水路貨物運輸代理等服務的，由其所在地縣級以上人民政府水路運輸管理部門責令改正，拒不改正的處1萬元以上3萬元以下的罰款。