倉儲保稅貨物的報關管理可以分為進庫報關管理和出庫報關管理。

(一)進庫報關

貨物在保稅倉庫所在地進境時，除易制毒化學品、監控化學品、消耗臭氧層物質外免領許可證件，由收貨人或其代理人辦理進口報關手續，海關進境現場放行后存入保稅倉庫。

貨物在保稅倉庫所在地以外其他口岸入境時，經海關批準，收貨人或其代理人可以按照轉關運輸的報關程序辦理手續；也可以直接在口岸海關辦理異地傳輸報關手續。

(二)出庫報關

保稅倉庫貨物出庫可能出現進口報關和出口報關兩種情況。保稅倉庫貨物出庫視情況可以單批報關，也可以集中報關。

1．進口報關

(1)保稅倉庫貨物出庫用于加工貿易的，由加工貿易企業或其代理人按加工貿易貨物的報關程序辦理進口報關手續；

(2)保稅倉庫貨物出庫用于可以享受特定減免稅的特定的區域、特定企業和特定用途的，由享受特定減免稅的企業或其代理人按特定減免稅貨物的報關程序辦理進口報關手續；

(3)保稅倉庫貨物出庫進入國內市場或用于境內其他方面，由收貨人或其代理人按一般進口貨物的報關程序辦理進口報關手續。

2．出口報關

保稅倉庫貨物出庫轉口或退運，由保稅倉庫經營企業或其代理人按一般出口貨物的報關程序辦理出口報關手續，但免納出口稅，免交驗出口許可證件。

3．集中報關

保稅貨物出庫批量少、批次頻繁的，經海關批準可以辦理定期集中報關手續。