烏魯木齊海關始建于1944年，當時稱“新疆關”， 由國民政府海關總稅務司署設立。1950年3月9日，中華人民共和國海關總署發布通令，將“新疆關”更名為“中華人民共和國迪化關”；1954年2月13日，海關總署電令“迪化關”更名為“烏魯木齊關”；1981年8月1日，正式稱為“中華人民共和國烏魯木齊海關”。1984年9月，經國務院批準，烏魯木齊海關為正局級海關。
　　五十多年來，伴隨著共和國成長的風風雨雨，烏魯木齊海關也走過了極不平凡的道路，既有過建關初期并稱全國四大關的輝煌，也有過“三易關名”、“三遷關址”和“七次改變隸屬關系”的艱難曲折。黨的十一屆三中全會的勝利召開，使人民海關重新煥發了青春的活力，充滿了無限生機。由此，烏魯木齊海關的改革和建設事業也步入了蓬勃發展的道路。
　　五十多年來，烏魯木齊海關關區幾代海關人“艱苦創業，忠于職守，頑強拼搏，無私奉獻”的信念始終沒有動搖。不論是在冰封雪裹的帕米爾高原，還是在偏僻荒蕪的戈壁風口，各族關員始終牢記人民海關為人民的工作宗旨，始終牢記把關服務的職能，堅定不移地貫徹海關不同時期的工作方針，在5600公里的邊境線上，用對祖國的赤誠和辛勤的汗水，創造出了一個又一個的輝煌業績，筑起了捍衛國家經濟安全的鋼鐵長城。據統計，2004年，烏魯木齊關區海關共監管進出境貨物977萬噸，進出境運輸工具45.8萬輛（架）次，驗放90.3萬進出境人員的行李物品，征收稅款35.5億元。
　　五十多年來，關區幾代海關人在履行好為國把關職能的同時，在雪域荒原，在戈壁風口，從未停止過與高寒、缺氧、狂風、暴雪等艱苦環境的頑強抗爭，克服了常人難以想象的困難，恪盡職守，扎根邊關，用壯麗的青春年華，譜寫了一曲“特別能吃苦，特別能忍耐，特別能戰斗，特別能奉獻”的壯麗篇章。這“四特”精神，激勵了一代又一代海關人堅守邊關、艱苦創業的豪邁激情，成為我們戰勝困難、開拓奮進的無價之寶和精神財富。
　　五十多年的實踐證明，關區海關隊伍是一支堅定不移地與黨中央保持高度一致，聽黨話、跟黨走，能夠經受各種考驗，具有戰斗力的隊伍。
　　內設機構：辦公室、法規處、通關管理處、關稅處、監管處、綜合統計處、技術處、企業管理處、稽查處、風險管理處、緝私局、人事教育處、財務處、政工辦（機關黨辦、工會、團委）、監察審計室。
　　派駐機構：現場業務處、駐庫爾勒辦事處。
　　隸屬海關：阿拉山口海關、喀什海關、霍爾果斯海關、吐爾尕特海關、紅其拉甫海關、伊寧海關、塔城海關、阿勒泰海關、伊爾克什坦海關、機場海關。
　　事業單位：機關服務中心、海關總署烏魯木齊教育培訓基地。
　　烏魯木齊緝私局隸屬機構：阿拉山口海關緝私分局、喀什海關緝私分局、伊寧海關緝私分局、塔城海關緝私分局、阿勒泰海關緝私分局、機場海關緝私分局。
　　監管區域：166萬平方公里。