日本海關總部為“日本海關及關稅局”，隸屬于財政部。海關法（CUSTOMS LAW）、海關關稅法（CUSTOMS TARIFF LAW）及臨時關稅法（TEMPORARY TARIFF LAW）是日本海關關稅政策與行政管理的基本法律條文。

日本海關及關稅局設1名局長，兩名副局長。下設六個處（協調處、人教處、關政政策與法律處、執法處、海關通關處以及事后稽查、調查與情報處）、四個辦公室（信息管理辦公室、地方海關監察辦公室、海關管理研究辦公室、經濟伙伴關系辦公室）和兩名顧問（國際組織顧問、國際事務與研究顧問）。各處處長、各辦公室主任和兩名顧問分管與海關行政管理和關稅政策有關的所有事務。截至2008財年，海關及關稅局共有176名人員（此處系指總部人員）。

海關及關稅局有三大職能：

（1）征收進口關稅、消費稅和進口貨物應納的其他國內稅（每年征稅約5萬日元，占日本年度稅收的10%）；

（2）對貨物流動進行監管，防止有害物品走私進入日本（如麻醉品、火器和其他違禁品）；

（3）促進貿易便利，協調國際貿易手續，促進世界經濟增長和人民生活水平的提高。

海關及關稅局的主要職責為：

（1）對關稅、噸位稅、特別噸位稅以及其它海關管理事項進行調研、規劃（包括與外國談簽關稅協定）；

（2）決定并征收關稅、噸位稅、特別噸位稅和國際貨物消費稅；

（3）依照海關法及其它有關法律條文對進出口貨物、船只、飛行器及旅客進行監管控制；

（4）保稅區監管；

（5）向報關行和報關員發放報關許可,并對其進行監督管理；

（6）對日本自動化貨物報關系統中心進行管理；

（7）編制海關統計數據；

（8）對海關關員進行教育培訓；

（9）為“海關、關稅、外匯與其它交易理事會”提供支持。日本通過關區海關管理各地區海關務，關區海關受海關關稅局直接監管控制。

日本全國劃分為東京、橫濱、神戶、大阪、名古屋、門司、長崎、函館、沖繩九個關區（AREA），總人數8620人（截至2008財年）。各關區總部為總關（CUSTOM HOUSE），下轄若干分關（BRANCH OFFICE）及防衛站（GUARD POST）。總部長官將大部分職權授予分關主管處理地區事務。除沖繩關區外，各總關下設四個處，即協調處、執法處、通關處、事后稽查、調查與情報處。截至2008年7月，全國有68個分關，117個支關（SUB-BRANCH）以及9個防衛站。