根據《海關總署、環境保護部、商務部、質檢總局關于出口加工區邊角料、廢品、殘次品出區處理問題的通知》(署加發2009年第172號)的規定，對于出口加工區產生的邊角料、廢品出區內銷的具體操作比照《中華人民共和國海關關于加工貿易邊角料、剩余料件、殘次品、副產品和受災保稅貨物的管理辦法》(海關總署令2004年第111號)對區外加工貿易邊角料內銷的相關規定辦理，即海關按照區內企業向海關申請內銷邊角料、廢品的報驗狀態歸類后適用的稅率和審定的價格計征稅款。
    出入境檢驗檢疫機構對上述內銷的邊角料、廢品不實施檢驗檢疫；屬于環境保護部、商務部及其授權部門進口許可證管理范圍的，免于提交許可證。區內企業填寫《中華人民共和國進口貨物報關單》，貿易方式欄填寫“進料邊角料內銷”(代碼0844)，運輸方式欄填寫“9”(其他)，其他欄目按報關單填制規范填寫。