出入境檢驗檢疫結果證書是出入境檢驗檢疫機構依法對涉及健康、衛生、安全、環保和關系到國計民生的重要出入境貨物，運輸工具及疫病、疫情進行檢驗檢疫或監督管理后，簽發的結果證明文書。檢驗檢疫證書的作用是：
　　一、檢驗檢疫證書是出入境檢驗檢疫機構實施管理的具體措施
　　出入境檢驗檢疫機構是《中華人民共和國國境衛生檢疫法》、《中華人民共和國進出境動植物檢疫法》、《中華人民共和國進出口檢驗法》、《中華人民共和國食品衛生法》的實施或組織實施部門。出入境檢驗檢疫機構即是公正的檢驗檢疫職能部門，同時又承擔著出入境檢驗檢疫的監督管理工作。它所簽發的檢驗檢疫證書既是檢驗檢疫的結果證明文書，又是出入境檢驗、檢疫和監督管理的措施。
　　二、檢驗檢疫證書是出入境檢驗檢疫機構代表國家履行國際義務的手段
　　出入境檢驗檢疫機構是國際間健康、衛生、安全、環保的衛士。從入境角度講，出入境檢驗檢疫機構是為了維護國家的利益，為了健康、衛生、安全和保護環境的需要，是為了人民的利益;而從出境的角度講是保證有關世界各國的健康、衛生、安全與環境事業的需要。現在國際社會在檢驗檢疫方面已形成許多規約與慣例。這些規約與慣例被世界各國廣泛接受與遵守。如：在農產品的國際貿易中，世界各國都執行有關國際貿易法則，包括國際獸疫局（OIE）制定的《國際動物衛生法典》，國際植物保護公約組織（IPPC）制定的《國際植保公約》、《瀕危野生動植物種國際貿易公約》，亞太區域植保委員會制定的法規、公約等。這就是說出入境檢驗檢疫機構承擔著國際間維護人類健康、衛生、安全與保護環境的重任，是世界各國人民健康、衛生、安全的保護神，是保護自然環境的衛士。它所簽發的檢驗檢疫證書，如：獸醫衛生證書、衛生證書、動物衛生證書、植物檢疫證書、交通工具衛生檢疫證書、國際旅行健康證書、國際預防接種證書等，正是出入境檢驗檢疫機構履行其職責和國際義務的手段。
　　三、檢驗檢疫證書是報關驗放的有效證件
　　在國際經濟活動中，各國為了維護本國的政治、經濟利益，針對某些進出口商品的品質、數量、包裝、衛生、安全、環保等項目指標，制定了一些檢驗檢疫限定性的標準與管理辦法，同時要求當事人須交驗符合規定的檢驗檢疫證書方準貨物等進出境。世界各國為保護本國的經濟利益和人畜健康，對進口動植物及其產品及涉及安全、衛生、環保方面的商品，都制定了一些檢疫法律法規和檢疫措施，以防因帶有疫病、有害菌及不衛生而危害健康的商品入境。因此，各進口國對入境貨物要求必須有出口國官方當局簽發的獸醫、衛生方面的證書方準進口。出入境檢驗檢疫獸醫、衛生證書以及涉及安全、環保方面的證書是進口國衛生當局和海關依照法律、法令規定準許報關進口驗放的有效證件。法律規定實施強制性檢驗的商品，物及物品當事人必須持檢驗檢疫證書或檢驗檢疫局指定的機構簽發的證書，方可向海關申報放行。
　　四、檢驗檢疫證書是議付貨款的憑證
　　檢驗檢疫證書中的品質檢驗證書、重量檢驗證書是議付貨款的憑證。在對外貿易活動中，外貿合同規定按等級分等論價的商品，或對有效成分訂有增減價條款商品，或以公量、干態計重的商品等，檢驗證書中所證明的項目和品質等級是對內對外按質計算貨款的有效憑證。
　　五、檢驗檢疫證書是托運人與承運人計算運費的有效證件
　　出入境檢驗檢疫機構簽發的散裝商品的重量證書或以噸、尺、碼等計量單位來計算運費的商品的衡量證書，是托運人與承運人計算運費的有效證件，同時，也是港口棧租計算以及裝卸、理貨費用確定的有效證件。
　　六、檢驗檢疫證書是對外貿易雙方交接結算的有效證件
　　在對外貿易活動中，買賣雙方在合同中都訂有檢驗檢疫條款和索賠條款，該條款規定了憑雙方指定的檢驗檢疫機構出具的各種檢驗檢疫證書，作為證明所提交的貨物品質、數量、包裝、安全、衛生、環保等是否符合合同規定或輸入國規定的依據。很明顯出入境檢驗檢疫機構提供的這些證書是買賣雙方交接貨物和銀行議付貨款的有效證件。
　　七、檢驗檢疫證書是證明履約與責任情況的有效證件
　　在進出口業務活動中，往往發生對商品的品質、數量、殘損等爭議，這不僅涉及到買賣雙方，有時涉及到運輸、保險等各方的履約程度。判明責任歸屬往往需要有關當事人提供與其相關的具有約束力的證明。作為與各方無利害關系的獨立公正部門檢驗檢疫機構，利用先進設備和技術手段進行檢驗檢疫或鑒定后簽發的結果證書是判定責任歸屬和各方履約程度的有效證件。
　　八、檢驗檢疫證書是辦理索賠的有效證件
　　在國際貿易中，我國的進口商在進口商品時一般都在合同中訂明：貨到目的地后，經出入境檢驗檢疫機構檢驗檢疫，發現品質或重（數）量等與合同不相符合時，憑檢驗檢疫證書向賣方提出退貨或索賠。若屬于保險、運輸方面的責任的，則根據責任歸屬向有關方面索賠。因此，出入境檢驗檢疫機構出具的進口商品品質、重（數）量、殘損等證書，是買方向國外發貨人、承運人、保險公司，國內保險公司向國外保險公司，國內訂貨部門向外貿公司、保險人、承運人和港口裝卸部門索賠的有效證件。
　　九、檢驗檢疫證書是確定關稅稅別，課征關稅的有效證件
　　有些國家海關在課征關稅時，對重（數）量不是只憑商業發票上所列數據，而是憑出入境檢驗檢疫機構出具的重（數）量證書上所列數據。對進口商品來講，殘損部分可以退稅，而退稅是以證明殘損的檢驗證書所列數據為依據的。

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