科學研究機構和大專以上全日制高等院校（包括國家認可的技術中心、工程研究中心、國家重點實驗室及國家工程技術研究中心）辦理進口設備減免稅手續，程序分二步：一、減免稅資格認定；二、設備進口前申請辦理減免稅證明。
　　一、申請單位減免稅資格認定
　　申請單位應向海關提供以下單證：
　　①國家認可科研機構或學校的有關文件；
　　②非企業法人提供法人登記證或機構代碼證（復印件）；
　　上述文件經海關審核認可后，發給申請單位“科教用品免稅登記手冊”（一式二本，一本海關留存，一本由申請單位保留存查）。
　　二、申辦《進出口貨物征免稅證明》
　　辦結資格認定后，申請單位可持進出口合同等相關單證，填寫《進出口貨物征免稅申請表》，經海關審核認可后，申請人交預錄入部門錄入生成《海關進出口貨物減免稅審批表》，海關經三（四）級審批后，簽發《進出口貨物征免稅證明》。
　　三、辦理《進出口貨物征免稅證明》必需提供的單證：
　　①《進出口貨物征免稅證明申請表》
　　②進口合同及設備清單；
　　③發票及裝箱清單；
　　④海關認為需要提供的其他資料。（如稅則歸類所需進口設備的產品說明）
　　四、填寫《進出口貨物征免稅證明申請表》,詳見填寫說明。
　　注意事項：
　　1.申請企業提供的文件、單證必須真實、合法、有效，否則將承擔由此造成的法律后果。
　　2.填寫的“申請表”交由預錄入部門錄入打印后，需仔細校對，確保無誤。任何數據錯誤，都將導致《進出口貨物征免稅證明》在報關時無法使用。