1979年1月2日，國務院批準成立杭州海關（正處級）。同年6月30日，杭州海關圓滿完成“香港-杭州”旅游包機及106位中外旅客的海關監管手續，標志著杭州海關正式開關并辦理業務。當時的杭州海關，只有員工30人，監管設施十分簡陋，沒有固定的辦公場所，是一個純粹從事空港旅檢業務的小關。
　　1980年2月，國務院決定調整海關管理體制，杭州海關直屬海關總署，并接受浙江省人民政府監督指導。
　　1984年6月，杭州海關升格為廳局級機構，下轄寧波海關、溫州海關。1995年1月，寧波海關從杭州海關分離，直屬海關總署領導。
　　目前，杭州海關業務管轄范圍為，除寧波地區以外的浙江省全境及其所轄海域，轄區陸域面積9.61萬平方公里，大陸海岸線長1225公里，擁有國家開放口岸16個。內設緝私局（下設9個處室）、政治部，16個職能處室、2個事業單位。下轄12個隸屬海關，7個緝私分局，5個駐外辦事處。另有17個隸屬海關駐外機構。現有在編員工1500余人。
　　歷經三十年的風雨坎坷、三十年的歷史傳承。在歷屆黨組的堅強領導下，杭州海關從無到有，從小到大，走過了與祖國經濟同發展、共繁榮的輝煌歷程，走出了一條“依法行政、為國把關、服務經濟、促進發展”的強關之路。如今的杭州海關，已經成為業務門類齊全、主要指標躋身全國中上行列、兼具內陸海關特征的綜合型沿海海關。
　　杭州海關的30年，是各項業務實現跨越式發展的30年。30年來，杭州海關共監管進出口貨物45718萬噸，監管進出境運輸工具191萬艘（輛、架）次，監管進出境旅客1126萬人次，監管郵遞物品2500萬件；累計征收入庫稅款總額達1509億元，累計查處違規、走私案件13346起，涉及案值105億元，共罰沒入庫18.65億元。其中：2008年征收入庫稅款達到373.92300億元，躍居全國海關第9位；監管進出口貨物7596萬噸，躍居全國海關第10位。
　　杭州海關的30年，是積極落實國家宏觀調控政策、服務經濟促進發展的30年。30年里，杭州海關充分履行通關監管、稅收征管、打擊走私、海關統計、口岸管理等職能，有力地促進了地方經濟的持續、快速、健康發展。尤其是近年來，在支持浙江港航強省建設、發揮參謀輔助作用、優化監管通關環境、培植國際物流業壯大、促進特色經濟發展等方面，取得了顯著成效。
　　“屬地申報，口岸驗放”通關模式在關區得到全面推廣，義烏小商品監管模式效應得到不斷放大，“5+2”、“24小時預約通關”、網上支付等改革服務措施受到企業普遍歡迎，有力支持了浙江省經濟社會的快速發展。
　　新時期，新形勢，要求更高、擔子更重、責任更大。杭州海關黨組將帶領廣大關警員，牢記海關工作十六字方針樹立內涵式發展的理念，積極防范執法風險和廉政風險，推進工作規范化、管理精細化、執行高效化建設，與時俱進、開拓創新、銳意進取、繼往開來，努力將杭州海關建設成為管理科學、文明和諧、忠誠廉潔的現代化海關。